大家一定想不到,壞死性凋亡最近又出新文章了!就在今年7月27日,F(xiàn)rontiers in Immunology(IF:8.786)發(fā)表了一篇壞死性凋亡lncRNA相關(guān)的文章,先別著急劃走,這種識(shí)別壞死性凋亡相關(guān)lncRNA的方式,小編的確是第一次看到。在檢索了大量文獻(xiàn)之后,驚喜地發(fā)現(xiàn)這是壞死性凋亡lncRNA“推陳出新”第一篇!
背景
肝細(xì)胞癌是全球第三大最普遍的癌癥相關(guān)死亡原因。
……_……不寫了,反正沒人仔細(xì)看
壞死性凋亡(necroptosis)主要由PRK1、RIPK3、RIP1、MLKL等介導(dǎo),在調(diào)節(jié)癌癥生物學(xué)中的作用主要包括腫瘤發(fā)生、癌癥轉(zhuǎn)移和抗腫瘤免疫。研究表明,在壞死性凋亡和抗癌免疫之間存在著緊密的串?dāng)_,它與免疫檢查點(diǎn)抑制劑顯示出協(xié)同增強(qiáng)的抗腫瘤能力。系統(tǒng)全面地探索壞死性凋亡與免疫腫瘤微環(huán)境(TME)之間的關(guān)系更容易提高理想的免疫治療效果。
lncRNA與炎癥反應(yīng)、免疫浸潤(rùn)和免疫治療密切相關(guān),但lncRNA和壞死性凋亡在抗腫瘤作用中的作用仍未得到廣泛的探索,綜合分析可能為肝細(xì)胞癌患者的臨床管理開辟新的見解和思路。
流程圖
好豐富有木有,驚到小編的一點(diǎn)就在于篩選壞死性凋亡相關(guān)lncRNA的方式,就在Step I。
以往的方式或者常見的方式有三種:1.計(jì)算不同組間差異表達(dá)的壞死性凋亡基因,基于相關(guān)性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,計(jì)算不同組間差異表達(dá)lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA;2.計(jì)算不同組間差異表達(dá)lncRNA,基于相關(guān)性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA;3.基于相關(guān)性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,單變量cox篩選預(yù)后(也可以是其他限定條件)相關(guān)lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA。這三種方式其實(shí)都是計(jì)算差異,無非就是拆分再組合,可視化為下圖
但這篇文章是怎么做的呢?原文貼出來(其實(shí)小編是不想打字)
拍大腿,之前怎么沒想到用WGCNA識(shí)別候選壞死性凋亡相關(guān)lncRNA,WGCNA作為眾多方法之一,壞死性凋亡相關(guān)lncRNA作為眾多研究對(duì)象之一,它們倆走到一起也很正常啊,那是不是其實(shí)早就有人這么做了呢?小編趕緊打開PubMed搜索necroptosis、lncRNA、WGCNA、necroptosis-related lncRNA,無論怎么組合關(guān)鍵詞,在這之前,它就是沒有這么做的,驚喜又意外,噔噔噔噔,趕緊跑來跟大家分享。
那這篇文章就這一個(gè)亮點(diǎn)嗎?仔細(xì)看下去,又發(fā)現(xiàn)了不一樣的地方。小編把這篇文章大致的結(jié)果放出來,看看我們之間有沒有默契:
壞死性凋亡在肝細(xì)胞癌TME中的作用
篩選與壞死性凋亡相關(guān)的lncRNA和識(shí)別異質(zhì)性亞型
壞死性凋亡亞型的顯著性預(yù)后價(jià)值
壞死性凋亡亞型的驗(yàn)證
壞死性凋亡亞型獨(dú)特的分子特征和臨床特征
肝細(xì)胞癌患者免疫治療的綜合評(píng)估
肝細(xì)胞癌患者潛在治療藥物的開發(fā)
Over
總的來說,這篇文章基于壞死性凋亡相關(guān)lncRNA揭示了肝細(xì)胞癌的腫瘤異質(zhì)性,區(qū)分了兩種亞型,并進(jìn)一步揭示了不同的臨床結(jié)果、基因組景觀、生物學(xué)行為和免疫特征等亞型間異質(zhì)性的分子特征,為肝細(xì)胞癌患者的個(gè)體化治療策略的腫瘤異質(zhì)性提供了新的見解。
你要說差不多水平的文章可不就是這個(gè)唄,那還是掃碼了解詳情,生信人告訴你亮點(diǎn)不止一個(gè),怎么做才能環(huán)環(huán)相扣,抓住審稿人的心!