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這兩天的science重磅“銅死亡”相信已經(jīng)刷爆各位的朋友圈了。這篇文章定義的銅死亡（cuproptosis）到底是什么？簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，研究人員發(fā)現(xiàn)了一種不同于已知的細(xì)胞死亡的新機(jī)制：銅依賴(lài)且受到調(diào)控的細(xì)胞死亡方式，通過(guò)銅與TCA的脂酰化成分直接結(jié)合，導(dǎo)致脂?；鞍椎漠惓＞奂丸F硫簇蛋白的丟失，從而導(dǎo)致蛋白毒性應(yīng)激而導(dǎo)致細(xì)胞死亡。
Ps: 如果想看這篇文章的詳細(xì)解讀，可以看看推文的次條。
不夸張地說(shuō)，看完這篇文章，小編周六晚上睡覺(jué)夢(mèng)到的都是各種各樣的細(xì)胞死亡?？催^(guò)小編文章的小伙伴應(yīng)該有印象，小編為大家分享過(guò)非常多的細(xì)胞死亡的文章以及生信思路，例如細(xì)胞焦亡、壞死性凋亡、泛凋亡等等。當(dāng)然，今天小編不解讀文章，畢竟science原文的解讀網(wǎng)上已經(jīng)一大堆了。針對(duì)這個(gè)真正的science重磅，小編為大家整理一系列生信的切入點(diǎn)。
曾經(jīng)炙手可熱的鐵死亡、細(xì)胞焦亡、壞死性凋亡，僅僅在21年發(fā)文量就超過(guò)了4000。作為細(xì)胞死亡新晉成員，留給我們的空間實(shí)在太多太多，多到出現(xiàn)了選擇困難癥。不過(guò)各位放心，小編今天從易到難為大家整理各個(gè)水平的銅死亡生信思路。
首先，我們需要知道的是，science原文識(shí)別到了10個(gè)基因，其中7個(gè)正調(diào)控基因，3個(gè)負(fù)調(diào)控基因。這一點(diǎn)非常重要，也是這一系列思路的基礎(chǔ)。
思路一、銅死亡相關(guān)signature
當(dāng)我們拿到一個(gè)基因集合的時(shí)候，最基礎(chǔ)的思路就是基于這個(gè)基因集合進(jìn)行篩選，并且構(gòu)建一個(gè)signature。以鐵死亡和細(xì)胞焦亡為例，最簡(jiǎn)單的便是構(gòu)建預(yù)后signature。特點(diǎn)是快準(zhǔn)狠，不到兩個(gè)月就能輕松做出一個(gè)3-5水平的結(jié)果。
這兩篇文章可以代表這個(gè)水平兩個(gè)非常經(jīng)典的思路，一是基于基因集合本身進(jìn)行篩選和構(gòu)建signature；二是先聚類(lèi)識(shí)別不同的死亡模式，再選擇不同模式間特征構(gòu)建signature。同樣作為細(xì)胞死亡的銅死亡，從數(shù)據(jù)層面來(lái)總結(jié)，就是換了個(gè)基因集合而已。
思路二、銅死亡相關(guān)疾病分型
基于某個(gè)基因集合的分子分型可以很好的關(guān)聯(lián)臨床，同樣是非常經(jīng)典的思路。當(dāng)然與思路一的區(qū)別在于分析內(nèi)容相對(duì)較多，書(shū)寫(xiě)起來(lái)相對(duì)難一點(diǎn)。不過(guò)如果結(jié)果很好的話(huà)，是有機(jī)會(huì)沖高分的。同樣以鐵死亡和細(xì)胞焦亡為例，我們可以看到兩篇文章都在8分以上，并且來(lái)自于同一個(gè)雜志。既然編輯愿意接收，那我們換一個(gè)死亡方式為什么不試試呢？
思路三、單細(xì)胞數(shù)據(jù)出發(fā)或者單細(xì)胞聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)
單細(xì)胞雖然風(fēng)頭不再，但是目前還是文章很好的加分項(xiàng)。以鐵死亡為例，我們可以看到，單純的單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘或者聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)，能夠輕松做到6-7的水平。只不過(guò)與前兩個(gè)比起來(lái)，分析難度提升了不少。
思路四、泛癌分析
針對(duì)某個(gè)基因集合的泛癌刻畫(huà)現(xiàn)在已經(jīng)趨于成熟了，基本上只要基因集合挑得好，連單細(xì)胞數(shù)據(jù)都不用加就能做到10以上。從去年的兩篇文章我們可以看到，審稿人對(duì)這種形式還是非常愿意接收的。
思路五、非編碼RNA
非編碼RNA其實(shí)都不用多說(shuō)，前幾天為大家介紹的鐵死亡lncrRNA是能夠發(fā)到Nature Communications的。不過(guò)目前不建議從非編碼RNA的角度切入，畢竟到時(shí)候可能不好找證據(jù)來(lái)證明其調(diào)控作用。
思路六、銅死亡數(shù)據(jù)庫(kù)
FerrDB這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)相信大家都知道，鐵死亡研究利器。雖然現(xiàn)在銅死亡的概念剛提出，但是如果想沖擊一下16分的NAR，現(xiàn)在就可以開(kāi)始收集文章了。不過(guò)這個(gè)活周期較長(zhǎng)，比較磨人，如果人手不足不建議輕易去嘗試。
結(jié)語(yǔ)
除了前面為大家整理的六個(gè)思路之外，其實(shí)想抓住銅死亡這個(gè)點(diǎn)，還有非常多的角度，正如前文所說(shuō)，留給我們的空間實(shí)在太多。而且隨著現(xiàn)在生信的發(fā)展，很多思路都非常成熟，比的就是誰(shuí)更快。最后為了方便大家初步評(píng)估銅死亡生信的研究潛力，小編基于TCGA的數(shù)據(jù)對(duì)銅死亡10個(gè)基因進(jìn)行了分析，已經(jīng)可以看到很多腫瘤值得往后深挖了。想要獲取初步分析結(jié)果以及銅死亡其他經(jīng)典思路和個(gè)性化思路，趕快掃碼上車(chē)。
