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m6A作為國自然的研究熱點，相關(guān)研究在各種高水平雜志上頻頻出現(xiàn)；非編碼RNA作為國自然的寵兒，研究熱度同樣只增不減。相信今天的非編碼RNA+m6A的思路可以彌補你沒有搶占到m6A研究先機的困擾。
今天這篇文章，識別了低級別膠質(zhì)瘤m6A相關(guān)lncRNA，可以作為識別患者總體生存的生物標(biāo)志物。文章八月份發(fā)表在Frontiers in Cell and Developmental Biology（IF: 5.201）。生信人提供新穎、正規(guī)、可復(fù)現(xiàn)的
m6A相關(guān)的lncRNAs是預(yù)測低級別膠質(zhì)瘤患者總體生存率的潛在生物標(biāo)志物
在TCGA和CGGA數(shù)據(jù)集中，作者研究了m6A相關(guān)lncRNA的預(yù)后價值?；谄柹嚓P(guān)篩選與m6A相關(guān)的lncRNA，通過單變量cox和LASSO回歸，識別了9個潛在的lncRNA，并且進行了驗證。最后基于m6A相關(guān)lncRNA構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)，進一步探索了lncRNA在腫瘤中的發(fā)生發(fā)展機制。1.數(shù)據(jù)：TCGA與CGGA中低級別腦膠質(zhì)瘤表達數(shù)據(jù)(LGG)。22個臨床樣本的qRT-PCR 。2.方法：K-M，cox，LASSO，SPSS，PCA，GSEA，Nomogram。1.基于表達相關(guān)性進行LGG患者中與m6A相關(guān)的lncRNA的鑒定，識別了24個預(yù)后相關(guān)的lncRNA圖1.流程圖以及m6A相關(guān)基因與預(yù)后相關(guān)lncRNA相關(guān)性2. TCGA數(shù)據(jù)集中m6a-LPS的構(gòu)建，通過LASSO生成了包含9個lncRNA的風(fēng)險模型m6a-LPS圖2.LASSO以及TCGA與CGGA樣本生存分析3.與m6A相關(guān)的lncRNA的預(yù)后分析，利用單變量cox分析評估lncRNA預(yù)后作用圖3.包括在預(yù)后簽名中的9個m6A相關(guān)lncRNA的預(yù)后能力的森林圖4.m6a-LPS的分層分析，探索臨床特征與風(fēng)險評分的相關(guān)性圖4.不同臨床特征患者lncRNA標(biāo)志物的預(yù)后價值5.主成分分析發(fā)現(xiàn)lncRNA大部分與m6A reader相關(guān)圖6. 低風(fēng)險和高風(fēng)險亞組之間的2571個差異表達基因（DEG）的功能分析7.m6A-LPS是LGG患者的獨立預(yù)后因素以及列線圖構(gòu)建圖7.風(fēng)險評分作為獨立預(yù)后指標(biāo)以及列線圖8.ceRNA網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和功能富集分析圖8.7個與m6A相關(guān)的lncRNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)9.神經(jīng)膠質(zhì)瘤樣品中5種與m6A相關(guān)的lncRNA表達水平的驗證總結(jié)：
文章利用TCGA數(shù)據(jù)，通過表達水平識別了與m6A因子相關(guān)的lncRNA。利用單變量cox和LASSO篩選了與預(yù)后相關(guān)的lncRNA，并且利用CGGA數(shù)據(jù)進行驗證，最后利用實驗驗證了所識別的預(yù)后相關(guān)lncRNA的表達水平，還構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。文章思路雖然簡單，卻十分清晰，公共數(shù)據(jù)加上實驗驗證也較為完備。需要劃重點的是，如果你還在煩惱自己想做的m6A相關(guān)研究或者非編碼相關(guān)研究已經(jīng)被人搶占先機，m6A+非編碼的思路非常適合你。生信人提供新穎、正規(guī)、可復(fù)現(xiàn)的
