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隨著測序技術(shù)的快速更新迭代，新的測序技術(shù)在出現(xiàn)后的幾年時間里產(chǎn)生了大量的高通量數(shù)據(jù)以供研究者們進(jìn)行科學(xué)問題的研究探討。如今多如牛毛的單細(xì)胞文章就是單細(xì)胞測序技術(shù)帶來的影響，這個過程的周期也不斷在縮短。很多臨床或者基礎(chǔ)研究的粉絲因為對測序行業(yè)不了解或者不知道數(shù)據(jù)怎么為我所用，至今還可能停留在芯片、組織測序上，對單細(xì)胞測序、空轉(zhuǎn)測序還知之甚少，但是緊跟時代和熱點才是贏得審稿人青眼相看的關(guān)鍵。今天就給大家分享一個利用單細(xì)胞數(shù)據(jù)做科學(xué)研究的思路，感興趣和不感興趣的小伙伴們都要記筆記了。
腫瘤細(xì)胞與免疫系統(tǒng)的復(fù)雜互作貫穿了整個癌癥的發(fā)生發(fā)展過程。在免疫系統(tǒng)的選擇壓力下，腫瘤經(jīng)歷“免疫編輯”過程，從一開始的“免疫清除”階段，逐步累積基因組變異，達(dá)到與免疫系統(tǒng)相抗衡的“免疫平衡”階段，基于突變獲得生長優(yōu)勢的腫瘤細(xì)胞群體得以保留和增殖，最終到達(dá)“免疫逃逸”階段。其中，腫瘤細(xì)胞和CD8+ T細(xì)胞之間的復(fù)雜互作被證明能夠?qū)е禄颊哳A(yù)后以及治療應(yīng)答產(chǎn)生顯著差異。然而由于細(xì)胞空間分布和功能狀態(tài)的高度異質(zhì)性，腫瘤細(xì)胞與微環(huán)境各種細(xì)胞組分之間是否存在互作，并且這種互作如何進(jìn)一步影響患者的臨床結(jié)局仍是未知的。因此，該課題研究目的在于挖掘腫瘤微環(huán)境中關(guān)鍵的細(xì)胞互作，了解互作過程中起到橋接作用的受體-配體互作對，篩選對患者臨床結(jié)局有影響的細(xì)胞互作過程，以幫助理解腫瘤-免疫互作分子機(jī)制并促進(jìn)癌癥免疫治療手段的應(yīng)用。
聚焦腫瘤微環(huán)境關(guān)鍵的細(xì)胞互作指導(dǎo)預(yù)后
大綱
微環(huán)境細(xì)胞landscape
腫瘤細(xì)胞亞群的識別與刻畫
感興趣的免疫細(xì)胞亞群（例如T細(xì)胞或單核細(xì)胞）的識別與刻畫
基于配體受體互作對系統(tǒng)刻畫腫瘤細(xì)胞與xx免疫細(xì)胞的互作
驗證互作細(xì)胞在three-dimensional pseudo space的可接近性
基于細(xì)胞互作機(jī)制構(gòu)建預(yù)后標(biāo)志物
細(xì)胞互作預(yù)后標(biāo)志物的應(yīng)用潛能
一、微環(huán)境細(xì)胞landscape
二、腫瘤細(xì)胞亞群的識別與刻畫
三、感興趣的免疫細(xì)胞亞群（例如T細(xì)胞或單核細(xì)胞）的識別與刻畫
四、基于配體受體互作對系統(tǒng)刻畫腫瘤細(xì)胞與X免疫細(xì)胞的互作
五、驗證互作細(xì)胞在three-dimensional pseudo space的可接近性
六、基于細(xì)胞互作機(jī)制構(gòu)建預(yù)后標(biāo)志物
七、細(xì)胞互作預(yù)后標(biāo)志物的應(yīng)用潛能
這是一個主打腫瘤免疫微環(huán)境中細(xì)胞互作的思路，涉及單細(xì)胞及預(yù)后、免疫治療應(yīng)答等分析初步評估能在7以上的水平，融合大量數(shù)據(jù)的話可能更高。思路細(xì)節(jié)不便做過多解釋，感興趣又沒有看懂的小伙伴建議掃碼私聊。
TME關(guān)鍵的細(xì)胞互作單細(xì)胞思路
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參考文獻(xiàn)
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals the Crosstalk Propensity Between the Tumor Intermediate State and the CD8+ T Exhausted State to be Associated with Clinical Benefits in Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Tumor-Reactive T Cell Signature Associated With Clinical Outcome and Immunotherapy Response In Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022
Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinoma. Cancer Cell. 2021
