RNA修飾超超超粗略介紹
RNA修飾是什么?相信各位在座的大佬及未來(lái)大佬們肯定都比小編懂,但是萬(wàn)一有小伙伴兒想重溫一下那懵懂無(wú)知的簡(jiǎn)單歲月呢,對(duì)不對(duì),小編簡(jiǎn)單飛速的班門(mén)弄斧一下哈,各位見(jiàn)諒~
中心法則咱們都知道嘛,復(fù)雜的人體工廠中,中心法則不斷上演。但在整個(gè)生命進(jìn)展過(guò)程中,不可能所有過(guò)程都依賴(lài)遺傳物質(zhì)的直接改變來(lái)進(jìn)行,還有一類(lèi)非常重要的調(diào)控,那就是表觀遺傳修飾,這類(lèi)修飾可以在不改變遺傳物質(zhì)的前提下改變基因功能。最開(kāi)始大家是圍繞DNA和蛋白質(zhì)來(lái)開(kāi)展表觀遺傳修飾研究的,研究對(duì)象有DNA甲基化,染色質(zhì)可及性,組蛋白修飾等。
那在中心法則中占據(jù)C位的RNA呢?放心,咱們想到的想不到的,絕對(duì)都有先驅(qū)者在研究啦(到底是好還是不好呢?[笑cry])。RNA修飾,指的是RNA上的共價(jià)修飾,比如說(shuō)m6A(腺嘌呤上6號(hào)位N的甲基化)。需要注意的一點(diǎn)是:與DNA化學(xué)修飾在相似位點(diǎn)命名的區(qū)別,比如在DNA中的5mC,和RNA的m5C。
自打1960年發(fā)現(xiàn)第一個(gè)RNA修飾以來(lái),科研界對(duì)RNA修飾的探索可謂是如火如荼,迄今已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了一百多種,還建立的有相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)(如:RMBase、MODOMICS)。各類(lèi)型對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)改變也是清清楚楚(圖2)。
這么多種RNA修飾里,m6A可以說(shuō)是集萬(wàn)千寵愛(ài)與一身了,誰(shuí)讓人家數(shù)量大呢,這個(gè)在RMBase收錄的數(shù)據(jù)中可見(jiàn)一斑(圖3),一騎絕塵啊。相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)目也是倍殺(圖4,說(shuō)明:數(shù)據(jù)只是粗略統(tǒng)計(jì)哈)!
RNA修飾與癌癥的關(guān)系
簡(jiǎn)單了解了RNA修飾,那么RNA修飾是如何在疾病尤其是腫瘤中發(fā)揮作用的呢?這里給大家推薦一篇Review文章(圖5),作者講述的很清晰,小編這里也不過(guò)多的灌輸哈,總的來(lái)說(shuō)就是癌癥的八大hallmarks,每個(gè)里面都可以看到調(diào)控RNA修飾的Writers、Readers和Erasers三大類(lèi)RNA酶的身影(圖6)。許多研究都清楚地表明,癌細(xì)胞中RNA修飾酶有助于維持細(xì)胞增殖和腫瘤進(jìn)展。因此,RNA酶作為潛在的藥物靶標(biāo)是在癌癥中產(chǎn)生新治療劑的合理策略。
RNA修飾研究新思路
說(shuō)了一堆,回到咱們正題,其實(shí)可能標(biāo)題說(shuō)的“再掀波瀾”也不大合適,畢竟RNA修飾相關(guān)研究一直在路上,從未停止過(guò)。只是小編最近漫無(wú)目的(劃掉)兢兢業(yè)業(yè)檢索文章的時(shí)候,突然看到一個(gè)最近發(fā)表的8分純生信分析文章(圖7),數(shù)據(jù)是公共的,文章標(biāo)題中的m6A也是老得不能再老的熟人,就好奇為啥這種配置還能發(fā)8分。
然后......小編帶著好奇去看了這篇文章?No!小編先去檢索了類(lèi)似文章,哈哈哈~就是想看看這篇文章是不是一直獨(dú)秀,這樣的話(huà)小編豈不是挖到寶了?!事實(shí)證明,寶藏哪有這么好挖哦,類(lèi)似的文章小編找到了將近10篇(圖8),都是近兩年才出現(xiàn)的。其中,8篇都是4分以上的,只有一篇2+的是以單基因?yàn)榍腥朦c(diǎn),附帶了一點(diǎn)點(diǎn)m6A/m5C/m1A相關(guān)的分析,所以嚴(yán)格意義上來(lái)講,并不能算是咱們關(guān)注的范疇。
那么,具體這些文章都是怎么分析的呢?各位看官,且看下回分解,感興趣的,點(diǎn)關(guān)注不迷路啊~
參考資料:
Pseudouridine, a carbon-carbon linked ribonucleoside in ribonucleic acids: isolation, structure, and chemical characteristics.
Role of RNA modifications in cancer.