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相信小長假大家都玩的很累，所以今天就不給大家講看起來晦澀難懂高大上的生信文章了，畢竟還是有很多小伙伴剛?cè)腴T生信不久，對生信還處在你認(rèn)識我我不認(rèn)識你的階段。所以今天分享下思路清晰明了的7+純生信文章。文章主要涉及了三個部分預(yù)后、免疫治療、潛在藥物篩選。
7+純生信分析思路詳情咨詢
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每一種腫瘤，甚至每一位患者的腫瘤浸潤免疫細(xì)胞都存在差異，于是就有研究者根據(jù)免疫細(xì)胞浸潤的特點將腫瘤大致分為“冷”腫瘤和“熱”腫瘤，前者腫瘤中浸潤的免疫細(xì)胞少以及較多比例的是免疫抑制性細(xì)胞（Treg, MDSC），對免疫治療應(yīng)答反應(yīng)弱；后者腫瘤中浸潤著較多的激活性免疫細(xì)胞（CD8+ T,Th1），能對免疫治療藥物產(chǎn)生較好的應(yīng)答反應(yīng)。多項研究已確定特定基因和通路在基因上調(diào)節(jié)免疫表型可以輔助免疫治療。今天，文章就是以 12 個熱腫瘤和3個冷腫瘤免疫表型相關(guān)基因出發(fā)構(gòu)建腫瘤免疫表型相關(guān)基因預(yù)后指數(shù) (TIPRGPI)，以預(yù)測 HCC預(yù)后和免疫治療反應(yīng)、和候選治療藥物。
文章思路講解
文章22年4月份發(fā)表于Frontiers in Immunology（IF: 7.561）
鑒定可預(yù)測肝細(xì)胞癌預(yù)后、免疫治療效果及候選藥物的腫瘤表型相關(guān)signature
流程圖（清晰明了，涉及內(nèi)容豐富）
材料：
TCGA-LICH、ICGC-LIRI-JP、GSE14520表達譜及臨床數(shù)據(jù)
結(jié)果展示：
1、首先分析了腫瘤免疫表型相關(guān)的TIPscore與預(yù)后和免疫過程的相關(guān)性（K-M生存曲線、皮爾森相關(guān)性），結(jié)果如下圖與預(yù)后和免疫顯著相關(guān)
2、使用WGCNA識別腫瘤免疫表型相關(guān)TIPscore性狀相關(guān)的關(guān)鍵模塊（圖A-C）；對模塊基因進行富集分析（D、E）；cox+lasso篩選關(guān)鍵預(yù)后因子（F、G）構(gòu)建腫瘤免疫表型相關(guān)基因預(yù)后指數(shù)TIPRGPI。
3、評估和獨立驗證集驗證TIPRGPI signature（A-D）；與其他signature預(yù)測效能的比較（E）；臨床特征與TIPRGPI 得分關(guān)聯(lián)（F）；基于不同臨床病理變量亞組的 TIPRGPI 風(fēng)險評分特征預(yù)后價值分析（第二張圖）。
4、構(gòu)建TIPRGPI整合的預(yù)后列線圖：單因素和多因素cox回歸分析表明TIPRGPI對于腫瘤而言是獨立的預(yù)后因子（圖A）; 構(gòu)建臨床特征和TIPRGPI整合列線圖可以預(yù)測腫瘤1、3、5年的OS生存（圖B）; 列線圖與OS, DFS, PFS生存顯著相關(guān)。
5、TIPRGPI的潛在分子機制：高低TIPRGPI風(fēng)險組突變基因展示（圖A-C）;共突變分析（圖E）；CNV變異分析（圖F）；肝癌核心基因在高低分組的CNV展示、表達在CNV分組見的展示（圖G、H）。
GSVA方法分析了高低TIPRGPI組間hallmark通路富集差異，16條顯著（圖A）；GSEA證實了其中的12條在高風(fēng)險組中上調(diào)（圖B）；K-M曲線,評估了上調(diào)hallmark通路的是OS預(yù)后價值
6、TIPRGPI與免疫狀態(tài)相關(guān)：高低TIPRGPI風(fēng)險分組間腫瘤微環(huán)境細(xì)胞（適應(yīng)性免疫、固有免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞）浸潤差異（圖A）;TIPRGPI與TME細(xì)胞的相關(guān)性分析（圖B）;TIPRGPI與TME最相關(guān)的細(xì)胞篩選（圖C）。
7、TIPRGPI是預(yù)測肝癌免疫治療敏感性的潛在因子：高低TIPRGPI風(fēng)險分組間免疫檢查點的表達差異（圖A）；干擾素-γ通路marker表達差異（圖B）; m6A調(diào)控因子表達差異（圖C）；IPS評分差異（圖D）；TIDE與TIPRGPI相關(guān)性（圖E）。
8、TIPRGPI相關(guān)核心靶點識別和候選分子預(yù)測：構(gòu)建PPI互作網(wǎng)絡(luò)根據(jù)節(jié)點度篩選核心因子，進行分子對接篩選潛在的疾病治療化合物。
結(jié)語：
今天的一文三個故事（TIPRGPI能評估）就講完了，文章一開始從“冷”和“熱”兩種免疫表型marker出發(fā)，逐步篩選相關(guān)因子構(gòu)建一個可以評估肝細(xì)胞癌預(yù)后、免疫治療、潛在藥物的signature，在每一個層面都進行了詳盡分析，涉及分析方法也相當(dāng)豐富，文章故事邏輯清晰合理，所以一點實驗都沒加也能到7分。趕緊把筆記做起來，不會做筆記的掃碼上車。
7+公共數(shù)據(jù)庫挖掘純生信分析
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