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9+期刊Oncogene發(fā)表的5篇腫瘤研究熱點生信類文章速讀

文獻解讀 Yan ·2022年3月8日 12:16

9+期刊Oncogene發(fā)表的5篇腫瘤研究熱點生信類文章速讀

期刊選擇一直是科研工作者需要關注重要問題之一，純生信工作發(fā)表雜志的選擇更是尤為關鍵。本文為大家梳理了2021年1-8月 Oncogene（IF=9.862）發(fā)表的五篇生信類文章，大家可以體會如何在該雜志上發(fā)表高質(zhì)量的生信類文章。

研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer

研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients

研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma

研究四：Comprehensive characterisation of intronic mis-splicing mutations in human cancers

研究五：Nonlinear relationship between chromatin accessibility and estradiol-regulated gene expression

一、期刊介紹

Oncogene旨在通過發(fā)表杰出的研究成果，使我們對致癌過程的認識取得實質(zhì)性進展。接受挑戰(zhàn)標準猜想和建立在以前研究基礎上的工作，特別是那些導致在癌癥病因、診斷、治療、預防以及驅(qū)動腫瘤轉(zhuǎn)移擴散的過程方面建立新范式的工作。Oncogene涵蓋的領域包括但不限于，癌癥的細胞和分子生物學，包括對癌癥治療的耐藥性，以及發(fā)展更好的方法來提高生存率。在癌癥生物學領域研究范圍廣泛，包括生命科學和生物醫(yī)學，從最基礎的理論工作，到轉(zhuǎn)化、應用和臨床研究，期刊官網(wǎng)請見https://www.nature.com/onc/journal-information。

Oncogene最新影響因子為9.862，每年發(fā)50刊（周刊），年刊文量481-653，國人刊文量100-238，從提交到接收的平均時間為194天，純生信類刊文量較少但質(zhì)量較高，詳細信息推薦刊查查系統(tǒng)（https://www.paperneed.cn/#/articles/search）。

二、2021生信文章速讀

研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer

使用LncRIndiv方法對TCGA乳腺癌數(shù)據(jù)的lncRNA表達譜構建個體化的差異表達長非編碼RNA圖譜（IDElncRNA），總共包括3458個lncRNA（1909個下調(diào)lncRNA和1549個上調(diào)lncRNA），在樣本和lncRNA水平分別采取五倍交叉驗證的方法，結(jié)果精確性都在95%以上。從Fold change的角度分析發(fā)現(xiàn)IDElncRNA傾向于是差異表達的lncRNA。此外，統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)IDElncRNA表達與拷貝數(shù)變異（CNV）和DNA甲基化的方向是一致的。

根據(jù)乳腺癌的五種亞型，識別亞型特異的IDElncRNA，并且在這五種亞型中識別與蛋白編碼基因拷貝數(shù)變異、基因突變和差異甲基化等分子變異顯著共出現(xiàn)的lncRNA。

對三陰性乳腺癌（TNBC）樣本進行更細致的剖析，通過TNBC特異的IDElncRNA進行KEGG富集分析，將TNBC樣本分為兩個新的亞型，這種分型方式具有明顯的生存意義差異。

針對兩種TNBC分型刻畫基因組不穩(wěn)定性和免疫細胞浸潤的差異。

在經(jīng)過MDA-MB-231細胞系驗證lncRNA PTOV1-AS1促進EMT的基礎之上，采用TNBC細胞系的數(shù)據(jù)分析了細胞系亞型和藥物應答之間的關系。

研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients

基于TCGA獲取16種癌癥類型6904個患者的數(shù)據(jù)，其中包括880個匹配的癌旁正常組織的樣本，分析其中可變剪切類型：Exon Skip (ES), Alternate Donor site (AD), Alternate Acceptor site (AA), Retained Intron (RI), Mutually Exclusive Exons (ME), Alternate Promoter (AP), Alternate Terminator (AT)。功能富集分析解釋了這些可變剪切基因的功能，緊接著從可變剪切類型、是否影響下游蛋白質(zhì)翻譯過程兩個角度分析癌癥類型之間的差異。

對167個編碼剪切因子的基因在正常和腫瘤樣本之間進行了分析，我們發(fā)現(xiàn)在腫瘤樣本中很少有剪切因子同時發(fā)生剪切和表達變化，有趣的是這些剪切因子在癌癥類型當中共同存在并形成了一個緊密的互作網(wǎng)絡。剪切因子的異常剪切可觸發(fā)腫瘤患者的一系列可變剪切變化。

通過比較癌癥樣本和對應癌旁正常組織的可變剪切數(shù)據(jù)，研究剪切因子的剪切事件是否影響腫瘤與相鄰正常樣本之間的選擇性剪切變化，發(fā)現(xiàn)剪切因子的選擇性剪切影響癌癥特異性剪切模式。

為了進一步確定普通癌癥剪切模式是否與剪切因子的選擇性剪切相關，作者通過選擇不同癌癥類型間與可變剪切因子相關的可變剪切事件進而計算其間的相關性，發(fā)現(xiàn)了不同癌癥類型之間剪切變化的共同模式。

通過NetMHCpan-4.1推斷可變剪切產(chǎn)生的可與HLA結(jié)合的新腫瘤抗原表位。

研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma

在口腔鱗癌OSCC人群隊列（n=62）中，使用芯片檢測常見的突變，總共涉及8507個染色體區(qū)域，分別在染色體條帶和基因水平統(tǒng)計變異的頻率和水平，并通過計算高頻變異之間的相關性，挖掘子模塊。

過濾掉頻率小于35%的區(qū)域，選擇顯著富集到通路的基因，共計49個，保留至少在3個通路當中出現(xiàn)的基因，剩余11個基因：OCLN (3p21.31), CLDN16 (3q29), DLG1 (8p11.21), SCRIB (3q29), IKBKB (3q22.3), RHOA (17p13.3), PAK2 (8q22.3), PIK3CB (3q28), YWHAE (3q28), YWHAZ (8q24.3), and CLDN1 (5q13.2)。