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銅死亡相信已經(jīng)不用贅述了，今天不講分子機(jī)制，也不講分析套路。我們一起來看看兩個(gè)月的時(shí)間，到底出了多少文章。咱們直接上結(jié)論，目前包括預(yù)印本在內(nèi)，一共10篇。其中已經(jīng)接受或者發(fā)表的2篇，預(yù)印本8篇。預(yù)印本的8篇中，2篇處于under review。除了2篇泛癌之外，涉及的癌型包括黑色素瘤、透明細(xì)胞腎癌、急性髓系白血病、結(jié)直腸癌、胃癌、胰腺癌、肺腺癌。文章思路涉及LASSO cox依賴的預(yù)后模型、腫瘤分子分型和lncRNA。影響因子范圍在2.754 ~ 5.81之間。從發(fā)現(xiàn)熱點(diǎn)到文章接收，最快的大佬只花了48天。
當(dāng)然了，撞車不可怕，搶發(fā)也不可怕；可怕的是啥都不知道，送到審稿人手里才被告知有已發(fā)表的，所以趕緊收藏這個(gè)表格。如果本身做的就是非常規(guī)的思路，那大可不必?fù)?dān)心。如果已經(jīng)撞車或者思路簡單怕沒別人快，那就馬上進(jìn)行調(diào)整。針對各種情況，小編會給出相應(yīng)的解決方案，這個(gè)時(shí)候需要相信生信的速度優(yōu)勢，畢竟從頭做一個(gè)也花不了多久，知己知彼之后再彎道超車是非常容易的。
統(tǒng)計(jì)結(jié)果如下：
| 疾病類型 | 核心 | 單位 | 狀態(tài) | 期刊 |
|---|---|---|---|---|
| 黑色素瘤 | 單基因 | 華山醫(yī)院 | 發(fā)表 | Front Pharmacol. IF: 5.81. 醫(yī)學(xué)2區(qū) |
| 透明細(xì)胞腎癌 | LASSO模型 | 浙大公衛(wèi) | 發(fā)表 | Genes. IF: 4.096. 生物3區(qū) |
| 結(jié)直腸癌 | 模型+分型 | 盛京醫(yī)院 | 審稿 | Lipids Health Dis. IF: 3.876. 生物3區(qū) |
| 肺腺癌 | LncRNA | 廣西醫(yī)科大第一醫(yī)院 | 審稿 | World J Surg Oncol. IF: 2.754. 醫(yī)學(xué)4區(qū) |
| 泛癌 | 單基因 | 弋磯山醫(yī)院 | 預(yù)印 | NA |
| 泛癌 | 活性評分 | 湘雅醫(yī)院 | 預(yù)印 | NA |
| 急性髓系白血病 | LASSO模型 | 南京鼓樓醫(yī)院 | 預(yù)印 | NA |
| 胰腺癌 | LncRNA | 仁濟(jì)醫(yī)院 | 預(yù)印 | NA |
| 胃癌 | 經(jīng)典分型 | 鄭州大學(xué)第一醫(yī)院 | 預(yù)印 | NA |
| 透明細(xì)胞腎癌 | LASSO模型 | 南通大學(xué) | 預(yù)印 | NA |
總結(jié)：
銅死亡這個(gè)概念的正式提出，也就是science那篇文章發(fā)表的日期是三月十八號。目前已發(fā)表的透明細(xì)胞腎癌應(yīng)該是最早的一篇銅死亡生信文章，發(fā)表日期五月十號，時(shí)間不到兩個(gè)月。如果覺得從發(fā)現(xiàn)熱點(diǎn)到分析和投稿，兩個(gè)月已經(jīng)很快了，那你可能低估了現(xiàn)在卷的程度。透明細(xì)胞腎癌那篇文章，雜志社顯示收到的日期是四月四號。也就是science文章發(fā)表后，大佬只花了不到17天就完成了分析和成稿。夸張點(diǎn)說，也就花了兩周。
當(dāng)然了，有人歡喜有人愁。我們可以看到，南通大學(xué)同樣出了一篇透明細(xì)胞腎癌的銅死亡文章。最開始還顯示在投BMC bioinformatics，處于under review階段。不過目前已經(jīng)沒有顯示文章狀態(tài)了，畢竟有人已經(jīng)發(fā)表了，所以大概率是涼了。
另外一個(gè)值得關(guān)注的點(diǎn)，就是泛癌分析大概率已經(jīng)卷沒了。銅死亡整體的泛癌刻畫已經(jīng)出了；銅死亡最關(guān)鍵的調(diào)控因子FDX1也已經(jīng)出了。
除此之外，胃癌的銅死亡文章同樣值得我們關(guān)注，文章思路就是當(dāng)初為大家推薦的銅死亡相關(guān)疾病分型。并且本文添加了相應(yīng)的濕實(shí)驗(yàn)。從當(dāng)初鐵死亡和細(xì)胞焦亡的情況來看，8分應(yīng)該是穩(wěn)的。兩個(gè)月的時(shí)間，生信分析，濕實(shí)驗(yàn)，文章寫作能全部整完，不得不感嘆大佬的速度就是快。
接下來小編將針對這10篇文章，逐一為大家解析。當(dāng)然了，撞車的小伙伴挑撞車的文章看就行了，每個(gè)類型的文章，小編會給出解決的方案。
文章列表：
Accept/published:
1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19
2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10
Preprint:
1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16
2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13
3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10
4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11
5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16
6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16
7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25
8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12
已發(fā)表文章詳解：
1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19
Accept
Journal: frontiers in pharmacology. IF: 5.81. 醫(yī)學(xué)2區(qū)
華山醫(yī)院
主要背景：
銅死亡是最近識別的銅依賴的調(diào)節(jié)性細(xì)胞死亡方式，然而在腫瘤發(fā)生中的作用還未可知。
主要內(nèi)容：
銅死亡基因表達(dá)與預(yù)后；聚焦LIPT1；免疫檢查點(diǎn)與Treg細(xì)胞浸潤；免疫治療患者中表達(dá)水平；泛癌分析。
主要結(jié)論：
該研究表明了銅死亡相關(guān)基因在黑色素瘤中的預(yù)后價(jià)值，尤其是LIPT1。揭示了LIPT1與免疫特征的關(guān)系；為黑色素瘤的預(yù)后評估和免疫治療候選靶點(diǎn)提供了新的線索。
如果和這篇文章撞車，想調(diào)整還是比較麻煩的，因?yàn)樵诜敲庖咧委熁颊吆兔庖咧委熁颊咧卸歼M(jìn)行了分析。不過也不是沒有辦法，最簡單的方式就是和當(dāng)前文章的組學(xué)避開。從公開數(shù)據(jù)來說，從基因組的角度研究這10個(gè)銅死亡基因是最省事的選擇。
2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10
Published
Journal: genes. IF: 4.096. 生物學(xué)3區(qū)
浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院健康科學(xué)大數(shù)據(jù)系
主要背景：
銅死亡是一種新的細(xì)胞死亡方式，然而腎透明細(xì)胞癌中銅死亡的臨床影響還未可知。
主要內(nèi)容：
銅死亡相關(guān)基因表達(dá)和基因組改變；功能富集和PPI網(wǎng)絡(luò)；預(yù)后signature的構(gòu)建與驗(yàn)證（SIS+LASSO）；nomogram建立；表達(dá)水平獨(dú)立數(shù)據(jù)驗(yàn)證；表達(dá)水平與免疫浸潤水平；表達(dá)水平與臨床病理特征。
主要結(jié)論：
該研究系統(tǒng)地分析了腎透明細(xì)胞癌中銅死亡基因改變和互作藍(lán)圖，表明銅死亡基因在腎透明細(xì)胞癌臨床結(jié)局中扮演了關(guān)鍵角色。文章結(jié)果為癌癥預(yù)防和治療中銅死亡相關(guān)的藥理和非藥理治療策略開發(fā)提供了新視角。
針對這篇文章，已經(jīng)不用做假設(shè)了，南通大學(xué)那篇已經(jīng)撞了。其實(shí)如果實(shí)驗(yàn)過程都在的話，完全可以嘗試做腎嫌色細(xì)胞癌或者腎乳頭狀細(xì)胞癌，這樣改動(dòng)的地方最小。如果不想換研究的疾病，在3-5的水平的前提下，針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構(gòu)建模型是最簡單的方式。
預(yù)印本文章詳解：
1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16
弋磯山醫(yī)院
Science原文刻畫的基因FDX1是銅死亡的核心
主要背景：
FDX1是science原文提到的key regulator。本文的主要背景和目的是FDX1作為銅死亡的關(guān)鍵調(diào)控基因，但是目前卻沒有泛癌的分析。作者的目的是采用生物信息學(xué)泛癌分析，探索FDX1在癌癥患者免疫機(jī)制中的影響以及預(yù)后價(jià)值。
主要內(nèi)容：FDX1表達(dá)水平；表達(dá)與臨床病理特征的關(guān)系；表達(dá)與生存的關(guān)系；基因組改變；表達(dá)與其蛋白磷酸化關(guān)系；表達(dá)與其甲基化的關(guān)系；表達(dá)與免疫抗原和免疫相關(guān)基因的關(guān)系；與其共表達(dá)基因的GO&KEGG；高低表達(dá)間GSEA；PPI網(wǎng)絡(luò)。
主要結(jié)論：FDX1在一些腫瘤中能夠作為預(yù)后marker。
如果和這篇文章撞車的話，那基本就沒招了，因?yàn)榱硪黄喊┑你~死亡文章刻畫的是全部銅死亡基因，連本文能否發(fā)表都是個(gè)問號。所以調(diào)整的方式可以將泛癌刻畫作為一個(gè)section放在最前面，選擇其中一個(gè)癌型進(jìn)行后續(xù)的分析是比較可行的方式。
2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13
湘雅醫(yī)院
主要背景：
銅死亡在癌癥中還沒有被闡明。新的細(xì)胞死亡機(jī)制往往能導(dǎo)致新的腫瘤治療靶點(diǎn)的識別和患者個(gè)性化治療的發(fā)展。為未來的研究提供初步的概述和參考點(diǎn)，作者在33個(gè)腫瘤的多組學(xué)視角中使用大數(shù)據(jù)對銅死亡調(diào)控因子的分子和臨床特征進(jìn)行綜合評估。
主要內(nèi)容：
銅死亡調(diào)控因子的體細(xì)胞改變landscape；銅死亡調(diào)控因子的表達(dá)模式以及銅死亡活性評分構(gòu)建；銅死亡調(diào)控因子甲基化水平；非編碼RNA及TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；銅死亡活性評分能夠預(yù)測患者預(yù)后；銅死亡活性評分與通路活性；銅死亡活性評分與免疫特征；銅死亡活性評分與化療藥物敏感性及免疫治療結(jié)局。
主要結(jié)論：
當(dāng)前研究首次在33個(gè)腫瘤中綜合評估了銅死亡調(diào)控因子的臨床和分子特征，為將來銅死亡相關(guān)的研究提供了一個(gè)可用的資源和參考點(diǎn)。銅死亡與多個(gè)腫瘤相關(guān)通路和免疫特征相關(guān)，因此可能被用于開發(fā)新的策略來治療癌癥。
與上一篇文章的結(jié)論一致，如果泛癌撞車，可行的方式是將泛癌結(jié)果作為引子，選擇一個(gè)腫瘤做后續(xù)深入的分析。
3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10
南京鼓樓醫(yī)院
14個(gè)cuproptosis related genes?
主要背景：
銅死亡是銅依賴的程序性細(xì)胞死亡，然而AML中銅死亡相關(guān)基因的預(yù)后意義尚不清楚。
主要內(nèi)容：
總體來說，就是基于銅死亡基因構(gòu)建了AML預(yù)后模型
銅死亡相關(guān)基因表達(dá)水平；銅死亡相關(guān)基因預(yù)后價(jià)值；預(yù)后模型構(gòu)建和驗(yàn)證；模型功能分析；模型對于藥物敏感性的預(yù)測；模型免疫細(xì)胞浸潤分析。值得注意的是，本文的銅死亡相關(guān)基因有14個(gè)，且沒有說明這14個(gè)的來源。要知道，science原文提到的是10個(gè)。
主要結(jié)論：
研究表明銅死亡與AML密切相關(guān)。風(fēng)險(xiǎn)得分能夠很好地預(yù)測AML預(yù)后。
在說解決方案之前，本文的銅死亡基因本身就值得注意，來源不清晰。同樣的，如果和本文撞車，在3-5的水平的前提下，針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構(gòu)建模型是最簡單的方式。
4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11
盛京醫(yī)院
UNDER REVIEW
Journal: lipids in health and disease. IF: 3.876. 生物學(xué)3區(qū)
主要背景：
銅死亡是一種新的細(xì)胞死亡機(jī)制，額外的銅在TCA循環(huán)中與脂化蛋白直接結(jié)合，可導(dǎo)致線粒體功能障礙。然而，結(jié)直腸癌免疫微環(huán)境中銅死亡的影響還不清楚。研究旨在構(gòu)建一個(gè)結(jié)直腸癌免疫治療預(yù)后signature并探索銅死亡相關(guān)基因的新模式。
主要內(nèi)容：
文章算是兩條路線：1.銅死亡相關(guān)基因表達(dá)模式；銅死亡相關(guān)基因功能分析；預(yù)后銅死亡相關(guān)基因的nomogram；銅死亡相關(guān)signature構(gòu)建；signature免疫治療應(yīng)用；2.銅死亡相關(guān)基因分子亞型；亞型間功能；亞型間免疫浸潤。不過文章的signature缺少驗(yàn)證。
主要結(jié)論：
為揭示結(jié)直腸癌中銅死亡與免疫微環(huán)境相關(guān)性的脆弱性提供了證據(jù)。
如果和本文撞車，考慮到結(jié)直腸癌本身就有很多臨床分型，選擇某一亞型進(jìn)行分析是改動(dòng)最小的。當(dāng)然了，同樣也可以針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構(gòu)建模型是最簡單的方式。
5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16
仁濟(jì)醫(yī)院
主要背景：
銅死亡作為一種新的細(xì)胞死亡通路，在胰腺癌中的調(diào)控機(jī)制還缺少研究。作者評估了銅死亡相關(guān)lncRNA是否能夠預(yù)測胰腺癌患者預(yù)后。
主要內(nèi)容：
識別預(yù)后銅死亡相關(guān)lncRNA；構(gòu)建和驗(yàn)證銅死亡lncRNA預(yù)后模型；模型獨(dú)立性分析；nomogram建立；風(fēng)險(xiǎn)分組免疫力和腫瘤純度；差異基因和富集分析。
主要結(jié)論：
銅死亡相關(guān)lncRNA能夠用于預(yù)測胰腺癌患者預(yù)后，與腫瘤代謝和免疫微環(huán)境相關(guān)。
不管是lncRNA還是miRNA等非編碼RNA，其實(shí)都不建議在現(xiàn)有的研究基礎(chǔ)上做生信的分析。雖然從機(jī)制上講，非編碼RNA具有調(diào)控作用，而且對于現(xiàn)有的銅死亡基因，肯定能找到調(diào)控的非編碼RNA。但是目前銅死亡概念才剛提出，很難找到證據(jù)表明有非編碼RNA靶向銅死亡這個(gè)生物學(xué)過程。所以如果和本文撞車，建議直接研究銅死亡基因本身。
6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16
鄭州大學(xué)附屬第一醫(yī)院
死亡方式經(jīng)典分型思路
主要背景：
銅死亡是一種新發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞死亡方式，胃癌中銅死亡與腫瘤免疫微環(huán)境和預(yù)后的關(guān)系還沒有被報(bào)道。
主要內(nèi)容：
對應(yīng)之前為大家整理的思路二，銅死亡相關(guān)分型。銅死亡相關(guān)基因突變和拷貝數(shù)改變；銅死亡亞型識別；亞型功能和腫瘤微環(huán)境刻畫；銅死亡預(yù)后差異基因分類；銅死亡預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評分構(gòu)建與驗(yàn)證；銅死亡基因表達(dá)水平濕實(shí)驗(yàn)；風(fēng)險(xiǎn)分組間腫瘤微環(huán)境；風(fēng)險(xiǎn)評分與腫瘤特征；藥物敏感性；nomogram建立。
主要結(jié)論：
該研究在胃癌中確定了一個(gè)銅死亡相關(guān)基因的預(yù)后模型，綜合地建立了銅死亡與腫瘤免疫的關(guān)系。
如果和這篇文章撞車，在分子分型上已經(jīng)很難有空間了，畢竟本文的內(nèi)容是比較完備的?？梢試L試的方向是以銅死亡過程活性量化為出發(fā)點(diǎn)?；蛘呋谀壳肮_數(shù)據(jù)出發(fā)，從基因組層面研究免疫治療隊(duì)列的銅死亡。
7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25
廣西醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院
UNDER REVIEW
World journal of surgical oncology, IF: 2.754. 醫(yī)學(xué)4區(qū)
主要背景：
銅死亡是一種新的細(xì)胞死亡方式，探索癌癥中銅死亡的作用對于臨床應(yīng)用具有巨大潛能。銅死亡相關(guān)的lncRNA在肺腺癌中可能具有臨床診斷和治療潛能。
主要內(nèi)容：
銅死亡相關(guān)lncRNA的識別和預(yù)后signature構(gòu)建；signature生存分析；signature獨(dú)立性分析；nomogram建立與PCA；功能富集與免疫相關(guān)功能分析；TMB與藥物敏感性。
主要結(jié)論：
包含16個(gè)銅死亡相關(guān)lncRNA的signature能夠準(zhǔn)確地預(yù)測肺腺癌患者預(yù)后，對臨床應(yīng)用和免疫治療可能提供了新的視角。
本文同樣是lncRNA的類型，解決方案和前面提到的一致，建議直接研究銅死亡基因本身。
8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12
南通大學(xué)
之前在投BMC bioinformatics，處于under review；目前應(yīng)該是被拒了
主要背景：
銅死亡是一種最近發(fā)現(xiàn)的新細(xì)胞死亡方式，在腫瘤中扮演了重要角色。然而，銅死亡相關(guān)基因的預(yù)后價(jià)值在腎透明細(xì)胞癌中還未闡明。
主要內(nèi)容：
銅死亡相關(guān)基因表達(dá)水平；表達(dá)水平與臨床病理相關(guān)性；功能富集分析；預(yù)后分析；銅死亡預(yù)后模型構(gòu)建；nomogram建立；模型與免疫浸潤；銅死亡相關(guān)基因與其他免疫特征。
主要結(jié)論：
該研究在腎透明細(xì)胞癌中綜合地分析了銅死亡相關(guān)基因的預(yù)后和免疫浸潤影響，識別了5基因的預(yù)后生物標(biāo)志物，為腎透明細(xì)胞癌中銅死亡的功能提供了重要證據(jù)。
針對這篇透明細(xì)胞腎癌的文章，正如前文所說，研究其他病理亞型的腎癌或者做分子分型的研究是最快捷的方式。
銅死亡破圈解決方案
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