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周二為大家介紹了一篇7.5分的免疫原性細胞死亡生信文章，只不過是去年11月份的，可能會有人擔心現(xiàn)在去學習已經(jīng)遲了。那么有沒有22年最新的文章值得學習呢，或者彎道超車的技巧呢？答案是肯定的。今天為大家解析一篇今年四月份發(fā)表的免疫原性細胞死亡另類文章，輕松實現(xiàn)6分彎道超車。
文章主要內容
三陰乳腺癌（TNBC）是高度侵襲的乳腺癌類型，缺少特異生物標志物和藥物靶點。損傷相關分子模式（DAMP）誘導了免疫原性細胞死亡，可能影響了TNBC患者免疫治療。作者基于DAMP相關基因的表達水平建立了一個TNBC的亞型系統(tǒng)，能夠用于預測患者預后和免疫治療結局。
摘要部分
摘要從三個方面來書寫：
一、TNBC研究進展
TNBC作為高度侵襲的乳腺癌亞型，具有很強的轉移能力和早期復發(fā)，導致了大量的乳腺癌相關死亡事件。然而免疫治療為轉移性TNBC提供了潛在的長期生存結局。
二、免疫原性細胞死亡以及DAMP和傳感受體與TNBC
免疫檢查點抑制劑，作為TNBC最成功的免疫治療藥物，能夠顯著改善患者PFS和OS。臨床前模型和臨床實驗已經(jīng)表明誘導免疫原性細胞死亡能夠增敏TNBC患者的免疫治療，表明ICD生物標志物可能作為免疫治療的預后標志物。
ICD的主要特征是免疫調控的損傷相關分子模式（DAMP）。先前的研究證實了DAMP在TNBC免疫治療中的重要性。
許多固有免疫受體包含在DAMP介導的ICD中，與DAMP的相互作用對于ICD和抗腫瘤免疫是必要的。靶向DAMP傳感受體可能為TNBC治療提供了一個潛在的視角。
ICD相關DAMP對ICI的敏感性強烈依賴于免疫反應時間。盡管已經(jīng)開發(fā)了大量的免疫相關生物標志物和預后模型來描述和量化TNBC的時間，但很少有人將ICD相關的DAMP和傳感受體視為可操作的目標。
三、研究概述
當前研究全面分析了DAMP的基因特征，探索ICD相關的DAMP和傳感受體對TNBC患者腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）和生存的影響。構建了一個DAMP風險評分來評估DAMP和相關傳感受體在TNBC患者中的預后價值。
材料方法部分
文章所使用的數(shù)據(jù)包括：復旦大學TNBC隊列作為訓練集，TCGA TNBC隊列作為驗證
方法核心為K-means識別分子亞型
DAMP相關基因來自先前的研究，一共32個，但是在數(shù)據(jù)中只有28個有表達（值得注意的一點是，和周二那篇文章相比，使用的基因集有6個交集）
結果部分
結果一共6個部分：
1.識別三類DAMP相關亞型
2.差異表達基因分析和功能分析
3.在復旦TNBC隊列中比較DAMP亞型基因改變
4.三類患者表現(xiàn)出不同的免疫狀態(tài)
5.TCGA隊列中免疫表型得到驗證
6.DAMP相關亞型能夠預測免疫治療結局
整體上來看，核心就是分子分型的識別和刻畫。與周二那篇文章的兩條故事性相比，精練了很多。
我們具體來看每個結果：
1.識別三類DAMP相關亞型
基于DAMP相關基因的表達水平，TNBC患者被分為nuclear DAMP，inflammatory DAMP和DAMP suppressed三類。
2.差異表達基因分析和功能分析
針對三類患者間的差異進行，進行了功能富集和GSEA
3.在復旦TNBC隊列中比較DAMP亞型基因改變
三組患者間突變和拷貝數(shù)比較
4.三類患者表現(xiàn)出不同的免疫狀態(tài)
比較了三類患者的免疫細胞，生存情況及免疫評分和免疫檢查點表達水平
5.TCGA隊列中免疫表型得到驗證
針對三類患者的免疫表型，在TCGA中得到成功驗證
6.DAMP相關亞型能夠預測免疫治療結局
通過探索MHC和免疫調節(jié)分子的差異，IPS差異發(fā)現(xiàn)inflammatory DAMP亞型具有最高的免疫治療反應
總結
周二那篇文章，其實學起來會難一點，畢竟兩條故事線。要是其中一條故事線沒做好，直接舍棄又舍不得，放上吧又沒啥用。但是今天這篇文章就非常不錯，首先只有一條主線就是分子分型，不涉及任何模型，不需要糾結AUC到底有多高；其次，并不是直接研究ICD，而是ICD相關的DAMP。所以說，想超車，今天這篇文章是一個非常好的學習對象。
