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又是一個超簡單的5分非腫瘤疾病思路，碼上！
5+SCI捷徑：你只需要集齊miRNA、甲基化、mRNA隊列
Hello,小編已經很久沒有給大家分享非腫瘤疾病的思路了，今天就給大家介紹一篇聯(lián)合甲基化和microRNA探索妊娠期糖尿病機制的文章, 文章發(fā)表于J Cell Mol Med(IF: 5.29)，集齊microRNA、甲基化、mRNA隊列，非腫瘤疾病就能發(fā)到5+聚劃算！
非腫瘤疾病個性化
生信分析思路
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（表單題目：非腫瘤疾病受表觀、miRNA共調控致病marker篩選思路）
microRNAs 和甲基化改變共同導致妊娠期糖尿病
研究疾?。?/strong>妊娠期糖尿病GDM
數(shù)據(jù)集：
microRNAs數(shù)據(jù)集：GSE104297
mRNAs數(shù)據(jù)集：GSE103552
甲基化數(shù)據(jù)集：GSE106099
主要結果
GDM中異常甲基化差異基因、microRNAs篩選
基于mRNA、microRNA、甲基化隊列分別篩選差異表達基因、差異表達microRNAs、差異甲基化位點
A：每個常染色所有差異甲基化CPGs位點圈圖
B：6個不同基因組區(qū)域差異甲基化CPGs位點分布
C：差異甲基化基因染色體分布曼哈頓圖
DE：top40差異基因和差異甲基化基因熱圖
A：與miRNA表達水平呈負相關的mRNA篩選
B：與甲基化水平呈負相關的mRNA篩選
與microRNA異常表達相關的靶基因功能分析
分別對microRNA靶向上調和下調基進行功能、通路富集，以及microRNA-tagrget gene互作網絡構建
A：低表達microRNA靶向上調基因的功能富集分析
B：低表達microRNA與靶向上調基因互作網絡構建
C：高表達microRNA靶向下調基因的功能富集分析
D：高表達microRNA與靶向下調基因互作網絡構建
E：microRNA與靶基因的KEGG通路富集分析
與甲基化改變相關的差異基因功能分析
分別對甲基化水平呈負相關的上下調基因進行功能、通路富集，以及蛋白互作網絡構建
A：低甲基化高表達基因的功能、通路富集分析
B：低甲基化高表達基因PPI互作網絡構建
E：低甲基化高表達基因PPI互作網絡關鍵模塊獲取
C：高甲基化低表達基因的功能、通路富集分析
D：高甲基化低表達基因PPI互作網絡構建
F：高甲基化低表達基因PPI互作網絡關鍵模塊獲取
與DNA甲基化和異常microRNA表達均相關的差異基因
篩選同時受microRNA和甲基化調控的疾病差異基因，分析其功能、多組織表達以及PPI互作網絡構建
A：受低甲基化、低表達microRNA共同調控的高表達基因
B：受高甲基化、高表達microRNA共同調控的低表達基因
CD：同時受microRNA和甲基化改變調控的上下調基因功能、通路富集分析
EF：同時受microRNA和甲基化改變調控的上下調基因在不同組織中的表達熱圖
G：同時受microRNA和甲基化改變調控的上下調基因PPI互作網絡構建
A-D：受miRNA和DNA甲基化調控表達的4個關鍵基因，CpG islands 預測
E：IGF1R啟動子區(qū)域中具有代表性的4個CpG島結合轉錄因子被鑒定富含DMR
6、GDM潛在用藥篩選
同時受microRNA和甲基化調控的疾病差異基因進行CMap分析，預測潛在用藥
小結：
文章到這就分享結束了，是不是很簡單，作者通過mRNA、microRNA、甲基化隊列（未要求同一樣本）識別到了疾病中同時受到microRNA、甲基化調控的關鍵因子，并預測了疾病的潛在用藥，多一點累贅分析都沒有，輕松5+。
公開數(shù)據(jù)庫中滿足同時有mRNA、microRNA、甲基化隊列的疾病還有很多，且非腫瘤疾病思路不常有，趕緊掃碼獲取吧
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