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銅死亡生信分析課程上新
好多人說銅死亡是不是爛大街了。
22年最重磅的熱點(diǎn)是什么，答案肯定是science推薦的銅死亡。
當(dāng)然22年3月開始到現(xiàn)在，一年的時(shí)間內(nèi)，關(guān)于銅死亡的文章，有很多。
所以才會(huì)有這樣的聲音。
生信挖掘的文章也有很多，以pubmed檢索為例。
22年直接279篇，23年才一個(gè)季度，就已經(jīng)184篇了。
我們看鐵死亡，自從發(fā)現(xiàn)到現(xiàn)在，每天幾千篇的文章，這個(gè)還有很大的發(fā)揮空間。
額，這個(gè)太新，距離爛大街還有很大的空間。那么這個(gè)熱點(diǎn)就有學(xué)習(xí)的空間。
生信人目前已有多篇銅死亡文章發(fā)表的經(jīng)驗(yàn)，但是覺得這個(gè)方向可以做的還很多，于是錄制了這個(gè)培訓(xùn)課程。希望大家都能蹭到最新的熱點(diǎn)，然后多發(fā)paper。
銅死亡分型降維+單細(xì)胞分析思路
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銅死亡文章匯總，銅死亡基因集，熱點(diǎn)方案，熱點(diǎn)講解，分析代碼
那么問題來了，銅死亡有什么生物信息可以發(fā)揮的思路嗎。
當(dāng)然，之前生信人公眾號(hào)就推薦過六大切入方式。
思路一、銅死亡相關(guān)signature
當(dāng)我們拿到一個(gè)基因集合的時(shí)候，最基礎(chǔ)的思路就是基于這個(gè)基因集合進(jìn)行篩選，并且構(gòu)建一個(gè)signature。以鐵死亡和細(xì)胞焦亡為例，最簡單的便是構(gòu)建預(yù)后signature。特點(diǎn)是快準(zhǔn)狠，不到兩個(gè)月就能輕松做出一個(gè)3-5水平的結(jié)果。
這兩篇文章可以代表這個(gè)水平兩個(gè)非常經(jīng)典的思路，一是基于基因集合本身進(jìn)行篩選和構(gòu)建signature；二是先聚類識(shí)別不同的死亡模式，再選擇不同模式間特征構(gòu)建signature。同樣作為細(xì)胞死亡的銅死亡，從數(shù)據(jù)層面來總結(jié)，就是換了個(gè)基因集合而已。
思路二、銅死亡相關(guān)疾病分型
基于某個(gè)基因集合的分子分型可以很好的關(guān)聯(lián)臨床，同樣是非常經(jīng)典的思路。當(dāng)然與思路一的區(qū)別在于分析內(nèi)容相對(duì)較多，書寫起來相對(duì)難一點(diǎn)。不過如果結(jié)果很好的話，是有機(jī)會(huì)沖高分的。同樣以鐵死亡和細(xì)胞焦亡為例，我們可以看到兩篇文章都在8分以上，并且來自于同一個(gè)雜志。既然編輯愿意接收，那我們換一個(gè)死亡方式為什么不試試呢？
思路三、單細(xì)胞數(shù)據(jù)出發(fā)或者單細(xì)胞聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)
單細(xì)胞雖然風(fēng)頭不再，但是目前還是文章很好的加分項(xiàng)。以鐵死亡為例，我們可以看到，單純的單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘或者聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)，能夠輕松做到6-7的水平。只不過與前兩個(gè)比起來，分析難度提升了不少。
思路四、泛癌分析
針對(duì)某個(gè)基因集合的泛癌刻畫現(xiàn)在已經(jīng)趨于成熟了，基本上只要基因集合挑得好，連單細(xì)胞數(shù)據(jù)都不用加就能做到10以上。從去年的兩篇文章我們可以看到，審稿人對(duì)這種形式還是非常愿意接收的。
思路五、非編碼RNA
非編碼RNA其實(shí)都不用多說，前幾天為大家介紹的鐵死亡lncrRNA是能夠發(fā)到Nature Communications的。不過目前不建議從非編碼RNA的角度切入，畢竟到時(shí)候可能不好找證據(jù)來證明其調(diào)控作用。
思路六、銅死亡數(shù)據(jù)庫
FerrDB這個(gè)數(shù)據(jù)庫相信大家都知道，鐵死亡研究利器。雖然現(xiàn)在銅死亡的概念剛提出，但是如果想沖擊一下16分的NAR，現(xiàn)在就可以開始收集文章了。不過這個(gè)活周期較長，比較磨人，如果人手不足不建議輕易去嘗試。
各位爺，今天來著了，生信人按照腎透明細(xì)胞癌為例，錄制了常規(guī)轉(zhuǎn)錄組+單細(xì)胞的常見分析思路和講解，大家可以試著操作下，這個(gè)銅死亡方向，換個(gè)分組就能繼續(xù)。希望大家23年多蹭熱點(diǎn)，多發(fā)paper。
銅死亡分型降維+單細(xì)胞分析思路
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