掃碼聯(lián)系客服
近幾年，以NGS腫瘤基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)的研究層出不窮，可謂是呈爆發(fā)式地增長(zhǎng)。那我們?nèi)绾胃鶕?jù)腫瘤基因組數(shù)據(jù)發(fā)文章？不同檔次的文章通常又是什么樣的內(nèi)容和訣竅？需要明確一點(diǎn)，我們常規(guī)的文章都是融合了基因組和轉(zhuǎn)錄組以及臨床信息。單純基因組的研究，除了突變過程、腫瘤基因組進(jìn)化、基因融合以及染色體不穩(wěn)定性等難度系數(shù)較大的機(jī)制方面的解析型研究之外，其他的比較罕見。因?yàn)楹茈y講述一個(gè)完整的故事，加上基因組數(shù)據(jù)的稀疏性，并不好做文章。因此，在涉及到腫瘤基因組數(shù)據(jù)的研究中，我們根據(jù)近幾年發(fā)文總結(jié)，大致將文章檔次分為3類：
7分以上的文章：“熱點(diǎn)+創(chuàng)新點(diǎn)是核心+工作質(zhì)量”
5-7分的文章：“創(chuàng)新點(diǎn)較明確，工作質(zhì)量很重要”
5分以下的文章：“工作質(zhì)量和結(jié)果更重要”
下面我們主要針對(duì)bulk測(cè)序的研究，以一些典型的案例分析一下：
一、7分以上：“熱點(diǎn)+創(chuàng)新點(diǎn)是核心+工作質(zhì)量”
當(dāng)前bulk水平的研究熱點(diǎn)毋庸置疑包括：腫瘤異質(zhì)性（如患者的分子分型、腫瘤進(jìn)化）、腫瘤微環(huán)境（包括免疫微環(huán)境、細(xì)胞狀態(tài)刻畫）、診斷、預(yù)后（如生物標(biāo)志物識(shí)別、預(yù)后模型構(gòu)建）、治療（如免疫治療、化療和靶向治療）。當(dāng)然還有單細(xì)胞水平的細(xì)胞狀態(tài)解析、空間轉(zhuǎn)錄組等。在保證熱點(diǎn)研究的基礎(chǔ)上，如果文章有明確的創(chuàng)新點(diǎn)，故事邏輯性較強(qiáng)，工作質(zhì)量還不錯(cuò)的話，那上7分的雜志是很輕松的。下面舉幾個(gè)例子詳細(xì)剖析。
【案例一】慢性淋巴白血病亞克隆結(jié)構(gòu)對(duì)臨床預(yù)后的影響及突變復(fù)雜性研究
Ref: Clinical impact of the subclonal architecture and mutational complexity in chronic lymphocytic leukemia. Leukemia. 2018.
這篇文章屬于非常經(jīng)典的克隆結(jié)構(gòu)分析的文章，算是該領(lǐng)域里程碑式的研究，思路很簡(jiǎn)單。本文最大的亮點(diǎn)在于首次發(fā)現(xiàn)了突變的克隆性能在原本不影響生存的突變狀態(tài)識(shí)別出來與生存相關(guān)的clonal突變或者subclonal突變，或者原本與生存相關(guān)的突變狀態(tài)中加入克隆性之后進(jìn)一步將患者生存分開，識(shí)別出更惡性的clonal突變或者subclonal突變，打破了傳統(tǒng)的只基于突變狀態(tài)刻畫患者預(yù)后的研究模式。
首先，作者在慢性淋巴白血病中，基于腫瘤細(xì)胞比例（CCF：針對(duì)某個(gè)突變，癌細(xì)胞中攜帶該突變的細(xì)胞數(shù)目與所有腫瘤細(xì)胞的比值。CCF越大，表明該突變更可能被所有腫瘤細(xì)胞攜帶，因此更傾向?qū)儆谕蛔兊脑缙谑录?，定義為clonal突變；而CCF越小，表明該突變更可能被一小部分腫瘤細(xì)胞攜帶，因此更傾向?qū)儆谕蛔兊耐砥谑录x為subclonal突變），推斷了driver突變基因的克隆性，判斷這些突變?cè)跇颖局心男┍憩F(xiàn)是clonal的，哪些是subclonal的（圖1）。表明，在慢性淋巴白血病中，subclonal突變比clonal突變更常見。
接下來，作者評(píng)估了driver基因在慢性淋巴白血病中的突變保守性。首先，作者發(fā)現(xiàn)大部分的driver基因都是攜帶一個(gè)突變，除了一小部分driver基因在樣本中有多個(gè)突變（圖2A）。然后舉了幾個(gè)特定的例子說明樣本中driver基因的不同突變?cè)跇颖局蠧CF值的比較（圖2B），以及通過縱向取樣（兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)）比較，發(fā)現(xiàn)一些突變是逐漸獲取的，一些突變是不隨時(shí)間變化的（圖2C）。
接下來，作者根據(jù)所有driver基因突變的克隆性以及拷貝數(shù)變異的克隆性將樣本分為不同的類型，確定其進(jìn)化分型。并據(jù)此推斷driver突變和拷貝數(shù)變異的時(shí)序性（該時(shí)序性判斷的原理就是通過CCF大小比較在樣本中的數(shù)量。比如說在100個(gè)樣本中，有90個(gè)樣本TP53突變的CCF值比PTEN突變的CCF值大，那我們大概率可以認(rèn)為TP53突變?cè)?i>PTEN突變的前面發(fā)生）（圖3）。
最后，作者基于突變的克隆結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)患者的進(jìn)展和結(jié)局，即跟患者生存關(guān)聯(lián)。作者刻畫了突變克隆結(jié)構(gòu)與患者首次治療時(shí)間（Time to first treatment, TTFT）的關(guān)系。例如，RPS15的clonal突變具有更短的首次治療時(shí)間，而低CCF的subclonal突變具有更長(zhǎng)的首次治療時(shí)間，類似的結(jié)果在ATM基因中也得以呈現(xiàn)（圖4左）。此外，作者觀察到原本突變狀態(tài)與患者OS不相關(guān)的基因（如FBXW7和NOTCH1），將其克隆結(jié)構(gòu)引入之后，發(fā)現(xiàn)FBXW7和NOTCH1的clonal突變相比于野生型的樣本均表現(xiàn)出更差的預(yù)后，而subclonal突變卻未表現(xiàn)出類似的現(xiàn)象（圖4右）。
【案例二】三陰性乳腺癌患者對(duì)蒽環(huán)類/紫杉烷類藥物的應(yīng)答研究
Ref: Combined homologous recombination repair deficiency and immune activation analysis for predicting intensified responses of anthracycline, cyclophosphamide and taxane chemotherapy in triple-negative breast cancer. BMC Med. 2021.
這是一篇很好的基因組、轉(zhuǎn)錄組以及臨床特征應(yīng)用相結(jié)合的文章。因?yàn)槿幮匀橄侔┠壳盀橹惯€沒有實(shí)用的靶向治療策略，只有一部分的患者在經(jīng)歷過蒽環(huán)類/紫杉烷類藥物的標(biāo)準(zhǔn)治療后，獲得病理上的完全應(yīng)答，并具有較好的生存，而大部分患者因復(fù)發(fā)進(jìn)展而死亡。在這一背景下，作者很好地抓住了這一亟待解決的治療困難。根據(jù)三陰性乳腺癌的異質(zhì)性，識(shí)別哪些患者接受藥物治療后應(yīng)答，哪些會(huì)出現(xiàn)進(jìn)展，就很有臨床意義。
作者首先刻畫了三陰性乳腺癌患者中的基因組突變事件，并將其與所有乳腺癌患者進(jìn)行對(duì)比，發(fā)現(xiàn)三陰性乳腺癌患者顯著富集了基因組突變事件，包括同源重組修復(fù)缺陷（HRD）。并且借助多種基因組特征（包括突變過程SBS3活性、同源重組相關(guān)基因突變、以及BRCA1表觀沉默）刻畫同源重組修復(fù)缺陷（HR-D）與同源重組修復(fù)非缺陷（HR-P）患者之間的差異性（圖5）。
接下來，作者借助于腫瘤基因組數(shù)據(jù)，巧妙利用同源重組修復(fù)缺陷狀態(tài)刻畫了三陰性乳腺癌對(duì)蒽環(huán)類/紫杉烷類藥物的應(yīng)答異質(zhì)性。作者通過分析發(fā)現(xiàn)同源重組修復(fù)缺陷（HR-deficiency）的三陰性乳腺癌患者更傾向表現(xiàn)出對(duì)該類藥物的化療應(yīng)答（圖6）。
此外，作者借助HRD狀態(tài)和對(duì)蒽環(huán)類/紫杉烷類藥物的應(yīng)答狀態(tài)刻畫了三陰性乳腺癌患者的免疫微環(huán)境異質(zhì)性，并通過多種免疫反應(yīng)機(jī)制表明一些患者可能適合免疫阻斷治療（圖7）。
最后，作者結(jié)合HRD活性和免疫反應(yīng)活性水平，發(fā)現(xiàn)二者聯(lián)合能夠顯著提升對(duì)蒽環(huán)類/紫杉烷類藥物應(yīng)答者的識(shí)別效能（圖8），進(jìn)而進(jìn)一步識(shí)別出了對(duì)該類藥物應(yīng)答的三陰性乳腺癌患者，這對(duì)三陰性乳腺癌患者在臨床治療上是非常有價(jià)值的。這篇文章很好地結(jié)合了基因組數(shù)據(jù)與臨床特征，并在藥物應(yīng)答方面具有良好的預(yù)測(cè)效能，具有實(shí)用性。
【案例三】DNA損傷修復(fù)缺陷在泛癌中的基因組和分子景觀描繪
Ref: Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas. Cell Rep. 2018.
這篇文章無疑是基因組研究中的一篇經(jīng)典文章，涉及到樣本量大、癌型廣、實(shí)用性強(qiáng)等特征。創(chuàng)新點(diǎn)在于首次在大群體、多癌型中刻畫DNA損傷修復(fù)基因的變異，具有很強(qiáng)的實(shí)用價(jià)值。在這篇文章中，作者使用TCGA泛癌基因組數(shù)據(jù)，通過整合基因組于分子分析，在33種癌癥類型中全局性地識(shí)別了DNA損傷修復(fù)的變異頻率。并在全基因組范圍內(nèi)計(jì)算了與基因組不穩(wěn)定性及其失衡相關(guān)的基因與通路，并證明了DNA損傷修復(fù)缺陷對(duì)于臨床預(yù)后的價(jià)值（圖9）。
作者通過計(jì)算DNA損傷修復(fù)相關(guān)通路內(nèi)基因在各種癌癥類型的樣本中的變異頻率，分析發(fā)現(xiàn)DNA損傷修復(fù)相關(guān)基因的基因組變異在大多數(shù)癌癥類型中是廣泛存在的，并且同源重組修復(fù)相關(guān)基因的變異是最頻繁發(fā)生的（圖10）。此外，作者發(fā)現(xiàn)DNA損傷修復(fù)功能丟失與癌癥基因組變異頻率及類型是相關(guān)的（圖10）。
最后，作者計(jì)算了用于刻畫染色體不穩(wěn)定性的同源重組修復(fù)缺陷得分（HRD score），并探索了其臨床應(yīng)用價(jià)值。結(jié)合臨床信息，作者發(fā)現(xiàn)HRD score在不同癌癥類型中與患者更好或者更差的生存狀態(tài)是相關(guān)的。例如，在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（GBM）中，HRD score作為一個(gè)保護(hù)性因素，越高的HRD score，患者生存越好；相反，在前列腺癌（PRAD）中，HRD score作為一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)因素，越高的HRD score，患者生存越差（圖11）。本片研究作者這樣設(shè)計(jì)的HRD score深受研究者的歡迎，成為同源重組修復(fù)缺陷研究范圍不得不考慮的指標(biāo)。
5-7分：“創(chuàng)新點(diǎn)較明確，工作質(zhì)量很重要”
通過解析5-7分的文章，我們不難發(fā)現(xiàn)這類文章要求具有較為明確的創(chuàng)新點(diǎn)，并且工作質(zhì)量較高，加之文章必要的邏輯性以及必要的證據(jù)支持，發(fā)到這個(gè)檔次也很輕松。下面介紹兩篇代表性的文章。
【案例一】基因組突變過程在泛癌中的致癌效益及臨床應(yīng)用分析
Ref: Analysis of Mutations and Dysregulated Pathways Unravels Carcinogenic Effect and Clinical Actionability of Mutational Processes. Front Cell Dev Biol. 2021.
這是一篇純腫瘤基因組的文章。在這篇文章中，作者的作圖功底是相當(dāng)了得，我們從文章的組圖中可以看到，所繪制的圖形幾乎是CNS級(jí)別的。所以說做的質(zhì)量還是蠻不錯(cuò)的，值得借鑒。遺憾的是在寫作并不出彩，文章發(fā)在這個(gè)檔次有點(diǎn)虧了。刨除這些因素之外，本篇文章最大的亮點(diǎn)在于全方位揭示了突變過程的對(duì)基因組突變的致癌風(fēng)險(xiǎn)以及對(duì)生物學(xué)通路的誘變。打破了傳統(tǒng)意義上的功能富集分析和簡(jiǎn)單的功能描述。此外，本篇文章邏輯想很強(qiáng)，并且敘事觀點(diǎn)明確。
首先，作者在34種癌癥類型/亞型中刻畫了不同突變過程的致突變能力，從全局角度說明了基因組變異的異質(zhì)性（圖12AB）。例如對(duì)于某種突變過程在不同癌癥類型中致癌風(fēng)險(xiǎn)的異質(zhì)性（圖12C），以及不同突變過程在同種癌型中致癌風(fēng)險(xiǎn)的異質(zhì)性（圖12D）。
接下來，作者在泛癌水平刻畫了突變過程對(duì)高頻突變基因的塑造景觀。發(fā)現(xiàn)突變過程SBS1（衰老相關(guān)的突變過程）主要在LGG_IDHmut亞型的腫瘤中誘導(dǎo)IDH1基因R132H位點(diǎn)的突變，而突變過程SBS4（煙草暴露相關(guān)的突變過程）主要在肺腺癌中誘導(dǎo)KRAS基因G12C位點(diǎn)的突變（圖13）。
接下來，作者全局性刻畫了突變過程對(duì)生物學(xué)通路的影響，揭示了突變過程在通路擾亂作用中的異質(zhì)性。例如細(xì)胞外基質(zhì)通路、小分子轉(zhuǎn)導(dǎo)以及蛋白代謝等通路，由絕大部分的突變過程共同參與完成擾亂。而DNA雙鏈修復(fù)通路、感染性疾病、以及細(xì)胞周期相關(guān)的通路主要由某幾種特定的突變過程（包括SBS2/13，SBS10）所主導(dǎo)擾亂（圖14）。尤其是突變過程SBS2/13（APOBEC特性相關(guān)的突變過程）特異性誘導(dǎo)DNA雙鏈修復(fù)（主要的通路是同源重組修復(fù)）通路紊亂，這為接下來作者聯(lián)合同源重組修復(fù)缺陷和APOBEC的研究做了很好的鋪墊。
確實(shí)，作者通過多種證據(jù)證明了同源重組修復(fù)缺陷和APOBEC的相關(guān)性與互補(bǔ)性（圖15A-E），并將其應(yīng)用于臨床上表明了二者的預(yù)后價(jià)值（圖15F-H）。作者借用列線圖表明同源重組修復(fù)缺陷和APOBEC能夠提升患者的預(yù)后效能，使用K-M曲線表明二者的聯(lián)合能夠進(jìn)一步識(shí)別與膀胱癌對(duì)鉑類藥物治療應(yīng)答更長(zhǎng)生存時(shí)間相關(guān)的患者（圖15）。最后，作者借助多因素Cox回歸分析表明APOBEC作為顯著獨(dú)立的預(yù)后因子與更長(zhǎng)的生存時(shí)間相關(guān)。這一步驟升華了主題，將上一步的研究發(fā)現(xiàn)直接應(yīng)用與臨床，表明研究的意義和價(jià)值。
【案例二】與三陰性乳腺癌抗癌藥物適應(yīng)性相關(guān)的研究
Ref: Applicability of Anticancer Drugs for the Triple-Negative Breast Cancer Based on Homologous Recombination Repair Deficiency. Front Cell Dev Biol. 2022.
這篇文章作為利用基因組特征進(jìn)行藥物重置的文章，也算是藥物基因組分析中比較全面的研究了。這篇文章其實(shí)沒有什么特別新奇的地方，主要還是借用常規(guī)的分析，解決臨床/實(shí)驗(yàn)問題，比較有意義。在這篇文章中，作者借助同源重組修復(fù)缺陷狀態(tài)（HRD），刻畫了三陰性乳腺癌患者的藥物敏感性，揭示了同源重組修復(fù)缺陷（HR-deficiency）和非缺陷（HR-proficiency）的患者分別適合哪些藥物治療。作者發(fā)現(xiàn)有些已知的在HR-deficiency患者中應(yīng)答的藥物盧卡帕尼（Rucaparib）和阿霉素（Doxorubicin）表現(xiàn)出更強(qiáng)的敏感性。而紫杉醇在HR-deficiency的患者表現(xiàn)出更強(qiáng)的耐藥性（圖16）。對(duì)于所識(shí)別到的藥物，作者將通過其他方式進(jìn)行驗(yàn)證分析。
接下來，作者基于MSigDB數(shù)據(jù)庫中的藥物基因組signature，進(jìn)行驗(yàn)證分析。并通過藥物治療對(duì)hallmark生物通路擾動(dòng)解析藥物作用機(jī)制，作者發(fā)現(xiàn)阿霉素的反應(yīng)激活了G2M檢查點(diǎn)和DNA修復(fù)通路，而順鉑的耐藥性與血管生成（Angiogenesis）以及上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT）的激活相關(guān)（圖17）。
為了通過其他方法進(jìn)行進(jìn)一步說明，作者首先在轉(zhuǎn)錄組層面識(shí)別了同源重組修復(fù)缺陷signature，并利用CMap分析，揭示了藥物小分子對(duì)HRD signature轉(zhuǎn)錄水平的擾動(dòng)模式。例如發(fā)現(xiàn)Doxorubicin在MCF7細(xì)胞系中表現(xiàn)為，促進(jìn)HRD signature上調(diào)基因的表達(dá)，抑制HRD signature下調(diào)基因的表達(dá)。而Palbociclib在SKBR3細(xì)胞系中表現(xiàn)為，抑制HRD signature上調(diào)基因的表達(dá)，促進(jìn)HRD signature下調(diào)基因的表達(dá)（圖18）。作者通過藥物擾動(dòng)模式將藥物進(jìn)行分類，發(fā)現(xiàn)不同Cluster中的藥物，其敏感性水平更傾向呈現(xiàn)負(fù)向相關(guān)性，表明藥物treatment機(jī)制的共性與特異性（圖18）。
最后，作者將阿霉素的藥物敏感性在多套接受阿霉素治療的三陰性乳腺癌患者中進(jìn)行臨床驗(yàn)證分析，均發(fā)現(xiàn)對(duì)阿霉素敏感/完全應(yīng)答的患者具有更小的IC50值（圖19）。并且，校正其他臨床因素之后，發(fā)現(xiàn)研究中阿霉素的IC50值作為顯著的風(fēng)險(xiǎn)因素與患者更差的生存及更短的阿霉素應(yīng)答時(shí)間相關(guān)（圖20）。
5分以下：“工作質(zhì)量和結(jié)果更重要”
【案例一】多區(qū)域NGS刻畫非小細(xì)胞肺癌腫瘤基因組進(jìn)化的研究
Ref: Revealing the subtyping of non-small cell lung cancer based on genomic evolutionary patterns by multi-region sequencing. Cancer Med. 2020.
這篇文章最大的亮點(diǎn)就是借助進(jìn)化樹刻畫了基因組瘤內(nèi)異質(zhì)性，并很好地將其與臨床特征掛鉤：異質(zhì)性高的患者具有更差的預(yù)后和更高級(jí)的腫瘤特征。在這篇文章中，作者借助腫瘤組織多區(qū)域測(cè)序數(shù)據(jù)的基因組突變數(shù)據(jù)，在刻畫不同非小細(xì)胞肺癌亞型基因組突變異質(zhì)性的同時(shí)，構(gòu)建了患者層面的腫瘤基因組進(jìn)化樹（圖21）。發(fā)現(xiàn)大部分的driver突變更傾向于在樹干中，即被所有組織所攜帶。
接下來，作者巧妙的使用數(shù)字量化進(jìn)化樹的樣式，并利用進(jìn)化樹的分枝模式進(jìn)行聚類分析，將患者分為3類：第一類樣本進(jìn)化樹枝繁葉茂，表現(xiàn)為更高的亞克隆多樣性（分枝多樣性）；第二類樣本樹干筆直，枝葉短小，表現(xiàn)為最低的瘤內(nèi)異質(zhì)性；最后一類樣本樹干樹枝對(duì)等，表現(xiàn)為瘤內(nèi)異質(zhì)性和亞克隆多樣性適中的特點(diǎn)（圖22）。
接下來，作者將進(jìn)化樹亞型與臨床特征（包括生存時(shí)間、腫瘤size、TNM分期）結(jié)合分析，發(fā)現(xiàn)作為異質(zhì)性最高的subtype 1表現(xiàn)出更差的生存時(shí)間、更大的腫瘤size以及更高級(jí)別的TNM分期。成功地將基因組特征應(yīng)用于臨床特征中，揭示了非小細(xì)胞肺癌瘤內(nèi)異質(zhì)性對(duì)患者的臨床結(jié)局的影響（圖23）。
最后，作者借助進(jìn)化樹基因組突變的分布以及Bradley-Terry模型，識(shí)別了亞型特異性早期driver突變特征基因，通過互斥/共發(fā)生刻畫其亞型中的變異狀態(tài)，借助功能解析這些特征基因的異質(zhì)性（圖24）。
【案例二】與腫瘤三級(jí)淋巴組織結(jié)構(gòu)相關(guān)的基因組特性和臨床結(jié)果的泛癌分析
Ref: Pan-cancer analysis of genomic properties and clinical outcome associated with tumor tertiary lymphoid structure. Sci Rep. 2020.
這篇文章思路非常簡(jiǎn)單，工作量也不大，用的數(shù)據(jù)和指標(biāo)都是別人的，作者只是在泛癌中進(jìn)行了結(jié)果闡述，并有持續(xù)的陽性結(jié)果輸出，也算是套路性的，發(fā)到這個(gè)檔次的雜志不足為奇。在這篇文章中，作者首先基于前人研究的12個(gè)趨化因子的signature量化了一個(gè)指標(biāo)，叫做三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)（TLS, tertiary lymphoid structure）。作者觀察了該指標(biāo)在泛癌中的分布，以及在腫瘤組織和癌旁組織中的差異性（圖25）。
接下來，作者在不同癌型中刻畫了TLS與總的突變數(shù)目及新抗原負(fù)荷的相關(guān)性。并借助已知driver基因的突變狀態(tài)，刻畫患者的TLS與driver突變的相關(guān)性（圖26）。
接下來，作者在泛癌中，根據(jù)TLS值將患者平均分為三組，去掉中間組，選取低得分組和高得分組，刻畫其對(duì)患者生存時(shí)間的影響（圖27）。
最后，作者在非小細(xì)胞肺癌和皮膚癌中刻畫了TLS對(duì)免疫治療后患者生存的預(yù)測(cè)效能，發(fā)現(xiàn)高TLS的患者與免疫治療應(yīng)答相關(guān)，相對(duì)于低TLS，高TLS與免疫治療后更長(zhǎng)的生存時(shí)間相關(guān)（圖28）。
【案例三】借助多組學(xué)數(shù)據(jù)識(shí)別胃癌預(yù)后marker的研究
Ref: Identification of novel prognostic biomarkers by integrating multi-omics data in gastric cancer. BMC Cancer. 2021
這篇研究屬于常規(guī)的biomarker篩選的文章，但借助多組學(xué)數(shù)據(jù)。工作量并不大，但內(nèi)容挺飽滿。在這篇文章中，作者借助多組學(xué)測(cè)序數(shù)據(jù)識(shí)別了分子marker基因。首先，通過基因組突變和拷貝數(shù)變異對(duì)表達(dá)水平的影響，識(shí)別了候選mRNA, miRNA以及轉(zhuǎn)錄因子。之后通過拷貝數(shù)變異對(duì)患者生存時(shí)間的影響，識(shí)別了預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因（KD genes）（圖29）。
作者刻畫了這些KD genes的拷貝數(shù)變異和突變狀況，以及miRNA, 轉(zhuǎn)錄因子所參與的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（圖30）。
刻畫了這些關(guān)鍵基因的功能特征以及與癌癥hallmark的語義相似性，表明這些基因的致癌特性（圖31）。
作者基于這些KD genes的表達(dá)水平與藥物敏感性IC50的相關(guān)性，篩選抗癌藥物，特別發(fā)現(xiàn)，一種治療結(jié)直腸癌的抗癌藥物伊立替康在KD gene DERL1低表達(dá)的患者中表現(xiàn)出更強(qiáng)的敏感性，而紫杉醇在KD gene HMGB2低表達(dá)的患者中表現(xiàn)出更強(qiáng)的耐藥性（圖32）。
接下來，作者基于這些KD genes的表達(dá)水平進(jìn)行層次聚類分析，探索不同亞型間的臨床特征以及預(yù)后價(jià)值（圖33）。比較常規(guī)的分析。
結(jié)語：
發(fā)文章的檔次從來都不是由工作量決定的，而是觀點(diǎn)的創(chuàng)新性、敘事完整性以及圖文工作質(zhì)量。好點(diǎn)的雜志文章要求創(chuàng)新性的同時(shí)，故事邏輯性強(qiáng)、支持觀點(diǎn)的證據(jù)充分，搭配不錯(cuò)的工作質(zhì)量，發(fā)在7分以上的雜志很輕松。故事的飽滿程度只能為整個(gè)研究錦上添花，而非決定性因素。如果創(chuàng)新性稍遜，但敘事的完整性、故事邏輯性和質(zhì)量姣好也能夠撐起5分左右的雜志。拋開創(chuàng)新性不談，如果當(dāng)前課題不是冷門領(lǐng)域，故事邏輯性、研究結(jié)果所提供的證據(jù)可以將發(fā)文穩(wěn)定在3-4分左右的雜志。如果是3分以下的文章，我們只需要保證工作質(zhì)量和穩(wěn)定的結(jié)果輸出，是完全不成問題的（PS：我們?cè)O(shè)計(jì)的課題，任何一個(gè)方案，即便是小項(xiàng)目，只要有主干是陽性結(jié)果，發(fā)在3分以下的雜志很easy，因此這里沒有進(jìn)一步詳細(xì)講解）。當(dāng)然，我們?nèi)魏挝恼露疾豢赡苤徽忌鲜銎渲械哪承c(diǎn)，多少都會(huì)多數(shù)涉及，只是占比的大小問題。
