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經(jīng)過(guò)昨天對(duì)腫瘤巨噬細(xì)胞的刻畫后，大家對(duì)TAM應(yīng)該有了個(gè)全面的了解了，也紛紛在表單中留言咨詢與之相關(guān)的項(xiàng)目，那么今天就跟大家分享下巨噬細(xì)胞在生信分析中的花式做法
非腫瘤疾病篇
昨天跟大家分析了巨噬細(xì)胞在各種非腫瘤疾病中的重要角色，不知道研究這些疾病的親們有沒(méi)有對(duì)自己研究的疾病在巨噬細(xì)胞的方向繼續(xù)做專向調(diào)研，沒(méi)有的話要抓緊了！
因?yàn)楹芏喾悄[瘤疾病的嚴(yán)重程度跟巨噬細(xì)胞極化相關(guān)，所以小編給大家推薦的非腫瘤疾病的巨噬細(xì)胞個(gè)性化思路當(dāng)然是巨噬細(xì)胞分型識(shí)別+潛在藥物挖掘：基于反卷積法計(jì)算樣本的各個(gè)巨噬細(xì)胞類型比例；通過(guò)聚類識(shí)別疾病中的巨噬細(xì)胞相關(guān)亞型，分析不同的亞型巨噬細(xì)胞類型的差異關(guān)聯(lián)表型的差異；針對(duì)于表型特異性巨噬細(xì)胞marker做潛在的藥物篩選，達(dá)到個(gè)性化治療效果。
當(dāng)然還有其它次選思路或者有自己的想法可以直接聯(lián)系
非腫瘤疾病巨噬細(xì)胞
個(gè)性化課題設(shè)計(jì)
（需要新創(chuàng)建一個(gè)）
腫瘤篇
研究腫瘤的方式就要比非腫瘤疾病多了，因?yàn)椴粌H能做分型還能做預(yù)后，小編經(jīng)過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研也給大家粗略總結(jié)了幾個(gè)方向
預(yù)后signature+ceRNA
分型+免疫治療
單細(xì)胞巨噬細(xì)胞互作分析
bulk+scRNA研究TAM的高分思路（見昨天副推）
如果對(duì)對(duì)生信不太懂，不能get到小編的意思那么也可以掃碼，進(jìn)行更細(xì)節(jié)的溝通
腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞
個(gè)性化課題設(shè)計(jì)
接下來(lái)小編將會(huì)給大家細(xì)節(jié)展示近期一個(gè)腫瘤研究TAM的文章，文章于今年9.13發(fā)表于Frontiers in?Immunology（IF：8.7）
構(gòu)建M2型腫瘤巨噬細(xì)胞相關(guān)marker預(yù)后signature揭示肝細(xì)胞癌中免疫景觀和潛在用藥
流程圖（提示：盡量把所作工作豐富、清晰明了展示給審稿人）
數(shù)據(jù)：
bulk RNA：TCGA-LIHC（訓(xùn)練集） 、GSE76427+ICGC-LIRI-JP（去批次效應(yīng)作為測(cè)試集）
sc-RNA：GSE125449
結(jié)果：
一、結(jié)合WGCNA篩選肝細(xì)胞癌M2型巨噬細(xì)胞marker
1、CIBERSORTx計(jì)算了M1、M2型巨噬細(xì)胞比例，K-M曲線分析對(duì)于HCC的預(yù)后價(jià)值（AB圖；M2型結(jié)果更適合分析遂分析M2型巨噬細(xì)胞：M2型抑制免疫，高的浸潤(rùn)水平預(yù)后更差）
2、WGCNA篩選M2型巨噬細(xì)胞關(guān)鍵模塊和基因（紅色模塊405基因；C-G圖）
單細(xì)胞隊(duì)列篩選TAM marker
對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控（A-E圖）
t-SNE降維及細(xì)胞注釋（免疫和非免疫細(xì)胞；FG圖）
篩選得到M2型TAM-related genes 2047個(gè)（H圖）
結(jié)合bulk RNA 和scRNA數(shù)據(jù)共同篩選M2型TAM相關(guān)的預(yù)后marker
M2型TAM相關(guān)marker（二和三的結(jié)果取交集；圖A）
Cox回歸篩選預(yù)后相關(guān)M2型TAM marker,進(jìn)一步使用lasso回歸篩選預(yù)后signature組成的關(guān)鍵因子（8個(gè)關(guān)鍵的M2型TAM marker；圖BC）
對(duì)篩選到的M2型TAM marker進(jìn)行功能注釋（圖D）
對(duì)篩選到的M2型TAM marker進(jìn)行聚類分析，識(shí)別肝細(xì)胞癌M2型巨噬細(xì)胞相關(guān)亞型，并做生存差異展示（圖E-H）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature
1、根據(jù)關(guān)鍵的M2型TAM相關(guān)marker lasso回歸系數(shù)和表達(dá)計(jì)算預(yù)后signature風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，根據(jù)最佳cutoff將HCC劃分高低風(fēng)險(xiǎn)分組，評(píng)估M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature的預(yù)測(cè)效能（圖A-C）
2、預(yù)后signature可作為HCC的獨(dú)立預(yù)后因子（單因素和多因素cox回歸；圖DE）
3、預(yù)后signature與其他預(yù)測(cè)指標(biāo)的C-index指數(shù)比較（圖F）
4、預(yù)后signature關(guān)聯(lián)的GSEA功能研究（圖G）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature預(yù)測(cè)效能的外部獨(dú)立數(shù)據(jù)集驗(yàn)證
1、在ICGA和GEO隊(duì)列合并的測(cè)試集中預(yù)后signature展示出與訓(xùn)練集同樣顯著預(yù)測(cè)效能（圖A-C）
2、結(jié)合其它的臨床因素和預(yù)后signature構(gòu)建列線圖更全面評(píng)估HCC患者預(yù)后（圖D-F）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature的臨床病理學(xué)特征分析
1、預(yù)后signature高低風(fēng)險(xiǎn)分組間臨床病理特征分布差異展示（圖AB）
2、在不同的臨床病理學(xué)特征中，預(yù)后signature 任然是高風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分組生存顯著比低風(fēng)險(xiǎn)組更差（圖C-J）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature相關(guān)的免疫細(xì)胞、免疫功能、免疫治療前景
1、預(yù)后signature高低風(fēng)險(xiǎn)分組間免疫細(xì)胞浸潤(rùn)差異展示（圖A）
2、預(yù)后signature高低風(fēng)險(xiǎn)分組間在不同的免疫功能上的差異展示（圖B）
3、預(yù)后signature高低風(fēng)險(xiǎn)分組間免疫治療指標(biāo)和檢查點(diǎn)表達(dá)差異（圖CD）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature相關(guān)的潛在抗癌藥物
1、預(yù)后signature包含的因子與化療藥物敏感性的相關(guān)性展示（圖A）
2、預(yù)后更差的高風(fēng)險(xiǎn)分組10種潛在治療藥物的篩選（圖B-K）
M2型TAM相關(guān)預(yù)后signature包含的特征基因組織表達(dá)展示
1、預(yù)后signature包含因子在 肝細(xì)胞癌患者 vs 正常樣本 中的差異展示（圖A）
2、預(yù)后signature包含因子在 肝細(xì)胞癌患者 vs 配對(duì)正常樣本 中的差異展示（圖B-F）
小結(jié)：
這篇研究肝細(xì)胞癌M2型巨噬細(xì)胞預(yù)后signature的文章到這里就分享結(jié)束了。雖然frontiers系列期刊飽受質(zhì)疑，但是Frontiers in?Immunology還是相對(duì)靠譜的，那么一點(diǎn)實(shí)驗(yàn)也沒(méi)做影響因子為什么能到8分，小編大膽的猜測(cè)了下：
涉及單細(xì)胞分析，雖然不多但是架不住趨勢(shì)就是這樣，多維度審稿人也喜歡
分析方法和內(nèi)容較全：WGCNA、聚類、lasso、單細(xì)胞、功能、預(yù)后、耐藥、TME
最重要的還是火爆的：腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞
當(dāng)然簡(jiǎn)單的、復(fù)雜的各種TAM思路我們都有，看你怎么選擇了
