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Hello，我是大家今日熱點(diǎn)分享的小編Eric，我又來了！入秋天氣寒冷記得添衣。
題外話：
小編整個十一假期把神雕俠侶重溫了一遍，被“相貌平平無奇”古天樂神仙顏值傾倒的同時梳理了下他的習(xí)武過程：楊過學(xué)了好幾門頂級武功卻多而不精，即使他有超高的天賦也不可能在有限的時間內(nèi)挨個精通，所以劇情過半他也沒能打敗金輪法王。經(jīng)過不斷琢磨后楊過取各武學(xué)之長融會貫通，最終創(chuàng)造了“黯然銷魂掌”才天下無敵。
那么它跟我們今天要分享的文章有什么關(guān)聯(lián)呢？
小編最近在檢索文獻(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)一個有意思的現(xiàn)象：
兩個熱點(diǎn)方向之間聯(lián)合預(yù)后分析越來越多，比如說m6A關(guān)聯(lián)假基因、鐵死亡關(guān)聯(lián)腫瘤干性、m6A關(guān)聯(lián)鐵死亡等，且發(fā)的文章影響因子普遍不低（IF>5），為什么會出現(xiàn)這樣的現(xiàn)象呢？小編有以下大膽的猜測：
1、單個熱點(diǎn)方向預(yù)后分析編輯和審稿人早已司空見慣
2、各個熱點(diǎn)基本已經(jīng)有人做過，且很難有新的熱點(diǎn)方向可做，即使有也很難在速度上取勝
3、癌癥作為一種復(fù)雜疾病是由多種因素造成，非單一因素引起，單個方向研究太片面
綜合以上考慮，小編認(rèn)為多熱點(diǎn)方向串?dāng)_機(jī)制研究比單一方向預(yù)后signature更能得到審稿人的青睞。是你沒有單細(xì)胞分析也能吸引到審稿人的良方。當(dāng)然不管什么放在一起總得有理有據(jù)，不能毫無原由就摻和在一起，畢竟?fàn)Z菜個人感覺不太好吃，蓮藕燉排骨還是非常棒的。
近期熱點(diǎn)聯(lián)合分析生信文章部分文章展示
Theranostics(IF:11+;已接收未發(fā)表)
N6-methyladenosine-associated prognostic pseudogenes contribute to predicting immunotherapy benefits and therapeutic agents in head and neck squamous cell carcinoma
接下來就給大家展示最新的這篇中山大學(xué)腫瘤研究中心發(fā)表的11分文章
流程圖（依然是課題內(nèi)容豐富且高大上的趕腳）
背景：
偽基因作為蛋白質(zhì)編碼基因的非功能同源物，通常是由基因內(nèi)多個無義突變的積累引起的。假基因由于缺乏蛋白質(zhì)編碼能力或細(xì)胞基因表達(dá)而一度被視為“遺傳化石”，但越來越多的證據(jù)表明，一些假基因已被確定參與多種生物學(xué)功能，并通過充當(dāng)競爭性內(nèi)源性RNA（ceRNA）來調(diào)節(jié)其親本轉(zhuǎn)錄。
N6-甲基腺苷（m6A）是mRNA和非編碼RNA中的一種常見 RNA修飾，可以影響RNA剪接、翻譯、穩(wěn)定性以及某些非編碼 RNA 的表觀遺傳影響
偽基因也被m6A修飾（ref:27376769；Nat Methods;IF:47）。假基因和m6A與宿主抗腫瘤免疫反應(yīng)顯著相關(guān)，可能是乳腺癌免疫治療的潛在生物標(biāo)記物。此外，非腫瘤細(xì)胞系中假基因m6A位點(diǎn)的功能研究表明m6A在清除不必要的加工假基因以減輕其對同源蛋白編碼基因表達(dá)的干擾方面具有新的進(jìn)化作用。然而，關(guān)于m6A相關(guān)假基因的功能是什么，以及它們是否可以預(yù)測HNSCC的免疫治療益處和治療藥物，仍然有待研究。
數(shù)據(jù)：
TCGA：HNSC
GEO：GSE65858
免疫治療隊(duì)列：UC cohort from Snyder and the UC cohort from Mariathasan
結(jié)果：
一、識別和驗(yàn)證m6A相關(guān)的預(yù)后假基因
A：m6A調(diào)控因子在腫瘤和正常中表達(dá)失調(diào)和臨床病理特征展示
B：m6A調(diào)控因子相關(guān)性分析
C：m6A調(diào)控因子蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
D：相關(guān)性、單因素cox回歸、多因素cox回歸共同篩選m6A相關(guān)假基因
E：m6A調(diào)控因子與假基因相關(guān)性熱圖展示
F：森林圖展示m6A相關(guān)假基因在癌癥中的預(yù)后價(jià)值
G-J：lasso-cox構(gòu)建m6A相關(guān)假基因預(yù)后signature，K-M、ROC曲線評估signature在TCGA訓(xùn)練集和GEO驗(yàn)證集中的預(yù)測效能
二、m6A相關(guān)假基因siganture可作為頭頸鱗癌的獨(dú)立預(yù)后因子
A：樣本的m6A相關(guān)假基因預(yù)后signature評分點(diǎn)圖以及高低評分組signature包含因子表達(dá)展示
B：臨床病理因素（包含m6A相關(guān)假基因預(yù)后signature）與OS的單因素和多因素cox回歸森林圖
C-D：中山大學(xué)32樣本隊(duì)列中生存分組間signature包含因子q-PCR結(jié)果熱圖、像是圖展示
E-G：m6A調(diào)控因子、signature包含原癌假基因、signature包含抑癌假基因在HNSCC 中的預(yù)后價(jià)值
三、m6A相關(guān)假基因與抗腫瘤免疫反應(yīng)顯著相關(guān)
A：高低風(fēng)險(xiǎn)分組間原癌和抑癌m6A相關(guān)假基因表達(dá)差異展示
B：高低風(fēng)險(xiǎn)分組間腫瘤免疫微環(huán)境中免疫細(xì)胞浸潤差異展示
C-F：高低風(fēng)險(xiǎn)分組間T細(xì)胞耗竭相關(guān)基因、抗原呈遞基因、干擾素因子、蛋白激酶活性調(diào)控因子表達(dá)差異展示
G-K：signature包含假基因?qū)NSCC進(jìn)行了聚類得到了兩個亞型，不同的亞型間生存存在顯著差異
四、m6A相關(guān)假基因能夠通過miRNA調(diào)控免疫基因
A：基于數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了假基因-miRNA-靶基因ceRNA 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，并對關(guān)鍵ceRNA調(diào)控軸進(jìn)行桑基圖展示
B-O：siRNA、WB等實(shí)驗(yàn)方法驗(yàn)證了關(guān)鍵的 假基因-miRNA-靶基因 調(diào)控軸的調(diào)控關(guān)系
五、m6A相關(guān)假基因預(yù)后signature高評分組對免疫治療更敏感
A：免疫治療預(yù)測相關(guān)指標(biāo)：TIDE得分、MSI評分（微衛(wèi)星不穩(wěn)定）、免疫排斥、M2型巨噬細(xì)胞浸潤差異
B-D：細(xì)胞功能障礙評分、MDSC、CAF得分、TIS（tumor inflammation signature）差異
E：腫瘤純度特征：ABSOLUTE、 IHC,、CPE、 ESTIMATE得分差異
F-I：兩個尿路上皮癌免疫治療隊(duì)列K-M生存曲線、ROC曲線評估m(xù)6A相關(guān)假基因預(yù)后signature對免疫治療的預(yù)測效果
六、識別和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證signature高評分組的潛在治療策略
A-B：CTRP數(shù)據(jù)庫鑒定的化合物與signature的相關(guān)性、以及高低風(fēng)險(xiǎn)分組間它們的藥物反應(yīng)AUC差異
C-D：PRISM數(shù)據(jù)庫鑒定的化合物與signature的相關(guān)性、以及高低風(fēng)險(xiǎn)分組間它們的藥物反應(yīng)AUC差異
E-F：綜合多個指標(biāo)共同篩選到doxorubicin和topotecan對signature高評分組HNSCC有更好的治療效果
F-J：細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證doxorubicin和topotecan對signature高評分組HNSCC的治療效果
總結(jié)：
文章分享完畢，是不是覺得11分的生信也沒有那么難。作者基于m6A與假基因存在調(diào)控的理論依據(jù)，首先篩選了與m6A相關(guān)的假基因，對m6A相關(guān)假基因構(gòu)建了能夠預(yù)測HNSCC預(yù)后及免疫治療臨床獲益的signature，對signature包含的假基因的ceRNA調(diào)控機(jī)制、篩選的潛在治療化合物進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證就得到了一篇11分的文章。
小編列出的三篇多熱點(diǎn)聯(lián)合分析的預(yù)后文章中兩篇都稍加實(shí)驗(yàn)作為結(jié)果的支撐，這固然是審稿人、編輯們喜歡的趨勢。但是如何合理的將熱點(diǎn)關(guān)聯(lián)起來、加以實(shí)用的生信挖掘、確切的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，三者融會貫通才能打出漂亮的組合拳是關(guān)鍵，并不能像以前簡單合并不分主次、只關(guān)聯(lián)免疫相關(guān)基因才能贏得審稿人的心。掃碼提供你的想法，生信人為你定制專屬版熱點(diǎn)聯(lián)合“黯然銷魂掌”武功秘籍！
