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IF=38+的高質(zhì)量單細(xì)胞分析文章
今天給大家分享一篇2022年9月13日發(fā)表在《Cancer Discovery》（IF:38.272）的單細(xì)胞分析。文章整體描繪了早期肺腺癌中B淋巴細(xì)胞的單細(xì)胞免疫組學(xué)景觀，將浸潤B細(xì)胞特征與主要的臨床病理特征相關(guān)聯(lián)，包括吸煙、驅(qū)動基因突變和腫瘤分期，并評估其臨床意義，如患者的生存率和對免疫療法的反應(yīng)。是一篇非常值得學(xué)習(xí)的范文！
摘要：
腫瘤浸潤性B細(xì)胞和漿細(xì)胞（TIBs）在肺腺癌（LUAD）中很普遍，然而它們的特征不明顯。作者對16個早期LUADs和47個多區(qū)域正常組織進(jìn)行了配對的單細(xì)胞RNA測序和B細(xì)胞受體測序（paired single-cell RNA and B cell receptor (BCR) sequencing ）。通過對約50,000個TIBs的綜合分析，確定了LUAD和鄰近正常生態(tài)系統(tǒng)中的12個TIB子集，并證明了LUAD中TIBs的廣泛重塑。記憶B細(xì)胞和漿細(xì)胞（PC）在腫瘤組織中高度富集，具有更多的分化狀態(tài)，體細(xì)胞超突變的頻率增加。吸煙者表現(xiàn)出明顯升高的PC，并有不同的分化軌跡。BCR克隆型的多樣性增加，但在LUADs和吸煙者中，隨著病理階段的增加，克隆性下降。TIBs大多定位于CXCL13+淋巴細(xì)胞聚集區(qū)，產(chǎn)生CXCL13的免疫細(xì)胞來源隨著LUAD的進(jìn)展而演變，包括CD4調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的升高部分。這項研究提供了早期LUAD中TIBs的空間景觀。
背景：
肺腺癌（LUAD）是最常被診斷的肺癌組織學(xué)亞型，并占了大多數(shù)與吸煙有關(guān)的癌癥死亡。因此，迫切需要在LUAD的早期階段進(jìn)行治療的策略。由于對LUAD發(fā)病過程中腫瘤微環(huán)境（TME）的早期變化的認(rèn)識滯后，這種進(jìn)展受到了嚴(yán)重的限制。
在了解肺癌免疫生物學(xué)的努力中，T細(xì)胞一直是關(guān)注的焦點。其他細(xì)胞類型，特別是腫瘤浸潤性B細(xì)胞和漿細(xì)胞（TIBs），大多被忽視，它們在實體瘤（如LUAD）發(fā)病機(jī)制中的作用仍然不為人知。TIBs已經(jīng)在不同類型的實體瘤中被發(fā)現(xiàn)。最近的研究表明，TIBs可以強(qiáng)烈影響患者對抗癌化療和免疫療法的反應(yīng)，以及包括黑色素瘤和肺癌在內(nèi)的各種癌癥的臨床結(jié)果。在最近的單細(xì)胞研究中也發(fā)現(xiàn)了TIBs，但它們的表型和狀態(tài)沒有得到廣泛的描述?？赡苁沁@些重要的研究由于測序的B細(xì)胞數(shù)量不足而缺乏對TIBs進(jìn)行深入分析的能力。作者最近對5名早期LUADs患者的上皮細(xì)胞和TME細(xì)胞進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)LUADs中的TIBs部分，包括B細(xì)胞和漿細(xì)胞（PC），相對于其匹配的正常肺組織而言有極大的增加，從而表明TIBs在LUAD發(fā)病機(jī)制中的潛在作用。
為了更好地了解TIBs在早期LUAD發(fā)病機(jī)制中的情況，作者對16個LUADs和47個匹配的來自早期疾病患者的多區(qū)域正常肺組織進(jìn)行了配對的單細(xì)胞RNA測序和B細(xì)胞受體測序。研究了約7.3萬個細(xì)胞的BCR和約5萬個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，這是迄今為止關(guān)于TIBs最大的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集。探索它們的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)、分化和成熟狀態(tài)、空間特征、克隆型特性，以及細(xì)胞的相互作用和與其他TME細(xì)胞群的共定位模式。作者還將TIB特征與主要的臨床病理特征相關(guān)聯(lián)，包括吸煙、驅(qū)動基因突變和腫瘤分期，并評估其臨床意義，如患者的生存率和對免疫療法的反應(yīng)。這項研究提供了對LUAD早期發(fā)展中TIB的普遍性質(zhì)和功能表型的詳細(xì)了解。
結(jié)果：
LUADs和匹配的多區(qū)域正常肺組織中TIBs的單細(xì)胞分析
作者對來自16個早期LUADs和47個匹配的多區(qū)域正常肺組織的細(xì)胞進(jìn)行了整合的scRNA-seq和scBCR-seq，這些細(xì)胞與腫瘤的空間距離不同（即鄰近的，離腫瘤邊緣0.5厘米；中間的，離腫瘤邊緣3-5厘米；遠(yuǎn)處的，肺葉的外圍）（圖1A）。與其匹配的正常肺組織相比，LUADs中EPCAM-negative（TME）細(xì)胞的B系亞群分?jǐn)?shù)明顯富集（圖1B）。為了驗證這一發(fā)現(xiàn)并進(jìn)一步檢查TIB的空間分布，作者對16名患者中的5名患者的20個可用組織進(jìn)行了多重?zé)晒猓╩IF）。在所有患者的腫瘤樣本中都檢測到了淋巴細(xì)胞聚集（LAs），包括腫瘤區(qū)和基質(zhì)（圖1C），以及2名患者的非腫瘤基質(zhì)區(qū)。一致的是，與相匹配的正常組織相比，腫瘤中B細(xì)胞的總強(qiáng)度明顯較高（圖1D）。
作者試圖定義TIBs的各種轉(zhuǎn)錄狀態(tài)和BCR同型抗原。共有49,062個具有scRNA-seq數(shù)據(jù)的B系細(xì)胞被保留下來進(jìn)行后續(xù)分析。無監(jiān)督聚類顯示了12個不同的細(xì)胞集群（圖1E-F）。七個PC群的特點是免疫球蛋白同種型基因的主要類別和亞類別的不同表達(dá)（圖1E）。PB集群的細(xì)胞是CD38 + CD138 + IgD - CD27 +，與PC相比，它們顯示出相對較高的MHC II類基因的表達(dá)，以及MKI67和其他細(xì)胞周期相關(guān)基因的最高表達(dá)（圖1F）。總的來說，scBCR-seq檢測到的抗體同型與scRNA-seq推斷的抗體同型很一致（圖1E，右上角）。具體來說，幼稚型B細(xì)胞集群以IgM和IgD同型為主，記憶型B細(xì)胞集群顯示出各種不同的同型，而PC集群顯示出其相應(yīng)的IgH同型的高度富集（圖1E，G）。與PC一樣，PB集群也是以IgA1/2和IgG1/2同型為主（圖1G）。
LUADs中TIBs明顯增加，而pc尤其在吸煙者中高度豐富
作者檢查了LUADs和匹配的正常肺組織中B系細(xì)胞的豐度和細(xì)胞組成（圖1H）。幼稚B細(xì)胞在全部B系細(xì)胞中的相對比例隨著與腫瘤的距離增加而明顯下降。相反，LUADs中記憶B細(xì)胞和PC的比例明顯升高（圖1I），后者在吸煙者中相對于非吸煙者尤為突出。接下來將TIB的特征與基因組數(shù)據(jù)相結(jié)合，包括腫瘤突變負(fù)擔(dān)（TMB）和驅(qū)動突變。作者發(fā)現(xiàn)與KRAS突變型或KRAS/EGFR雙野生型LUADs相比，EGFR突變型LUADs的PC比例明顯較低，幼稚型和記憶型B細(xì)胞的比例較高（圖1J-K）。
接下來，作者在獨(dú)立的患者隊列中驗證觀察到的結(jié)果，首先分析了Kim N et al.的大型公共scRNA-seq數(shù)據(jù)集，其中包括原發(fā)性LUADs、淋巴結(jié)和腦轉(zhuǎn)移，以及從44名LUAD患者獲得的正常肺部和淋巴結(jié)組織。與本文的隊列一致，原發(fā)性LUADs中記憶B細(xì)胞和PC的比例明顯增加（圖2A）。作者還分析了Leader et al.的30個早期LUADs組成的scRNA-seq隊列。作者同樣發(fā)現(xiàn)吸煙者與非吸煙者相比，PC的比例明顯增加（圖2B）。作者還使用CIBERSORTx對來自TCGA-LUAD隊列的大量RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行了免疫反卷積分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)PC的比例在吸煙者與非吸煙者的LUADs中明顯增加（圖2C，左）。值得注意的是，與相匹配的正常肺組織相比，吸煙者而非非吸煙者的LUADs中PC的比例明顯增加，而且戒煙15年的現(xiàn)吸煙者或戒煙15年以上的吸煙者的變化幅度更大（圖2C，右）。這些觀察結(jié)果表明PC在LUAD的免疫病理學(xué)中的潛在作用，特別是在吸煙者中。
LUADs中的高PC特征預(yù)示著更好的生存和對免疫療法的反應(yīng)
為了評估TIB的臨床意義，作者利用scRNA-seq數(shù)據(jù)構(gòu)建了主要TIB亞群的細(xì)胞類型特異性基因簽名，并在去卷積分析中證實了其可靠性。作者還分析了TCGA-LUAD隊列的大量表達(dá)數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)PC簽名得分隨著病理階段的深入而逐漸下降（圖2D）。Cox比例風(fēng)險模型和Kaplan-Meier模型都顯示，相對較高的PC特征分?jǐn)?shù)與較好的總生存期（OS）明顯相關(guān)（圖2E-F）。在評估的22個免疫細(xì)胞亞群中，作者發(fā)現(xiàn)PC特征與TCGA-LUAD隊列中較好的OS有明顯的關(guān)聯(lián)。
作者通過分析4個已報道的臨床試驗的公共數(shù)據(jù)集來評估PC特征與患者對免疫療法反應(yīng)的相關(guān)性。分析顯示，治療前腫瘤中相對較高的PC特征與抗PD-1治療的更好反應(yīng)、持久的臨床獲益（DCB）和明顯更好的無進(jìn)展生存（PFS）有關(guān)（圖2G）。同樣，對POPLAR和OAK這兩項使用atezolizumab進(jìn)行PD-L1阻斷的試驗的大型LUAD隊列（n = 316名患者）的分析顯示了非常一致的結(jié)果。相對較高的PC特征表達(dá)與抗PD-L1治療的更好反應(yīng)和改善的OS（圖2H-I）明顯相關(guān)。
高分化PC在LUADs和吸煙者的long-lived PC中富集
作者接下來對PC的分化狀態(tài)進(jìn)行深入分析。首先，用Monocle 3重建了PC的發(fā)育軌跡，偽時間分析顯示了PC分化的各種不同狀態(tài)，包括long-lived PCs, short-lived PCs和PB（圖3A）。long-lived PCs的特點是STAT3、IKZF3（Aiolos）和CD37的高表達(dá)（圖3B）。IgA/IgG轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平也較高（圖3B）。此外，為了支持他們的抗體分泌功能，大多數(shù)long-lived PCs失去了膜Ig變量（IgV）基因和BCR的表達(dá)（圖3C，左）。由CytoTRACE推斷的細(xì)胞分化狀態(tài)與Monocle 3的結(jié)果一致（圖3A），觀察到隨著偽時間的進(jìn)展，CytoTRACE的分?jǐn)?shù)逐漸下降，即分化程度增加（圖3C，中間）。有趣的是，在吸煙者與非吸煙者的LUADs中，完全分化的、長壽的PC明顯富集（圖3C，右）。
當(dāng)按抗體亞類調(diào)查PC時，IgM/IgD + PC的分化程度最低，其次是IgG3 +、IgG1 +、IgA1 +、IgG2 +，最后是IgA2 + PC，它們的得分最低（即分化程度最高）（圖3D）。相對于來自正常肺組織的PC，LUADs的PC分化程度明顯更高（圖3E）。與基于CytoTRACE的分化推斷一致，作者注意到LUAD PC中表達(dá)的基因數(shù)量相對于正常肺組織的基因數(shù)量明顯較低。
LUADs中的記憶B細(xì)胞更頻繁地進(jìn)行類別轉(zhuǎn)換并處于late-GC階段
記憶B細(xì)胞是在生殖中心（GC）反應(yīng)期間產(chǎn)生的，與PC分化平行（圖3F，頂部），其分化在轉(zhuǎn)錄水平上受到嚴(yán)格控制。作者觀察到腫瘤組織的記憶B細(xì)胞中IgA/IgG基因的表達(dá)量急劇增加（圖3F，底部），表明LUADs中的記憶B細(xì)胞主要是類別轉(zhuǎn)換和處于GC后期階段。為了進(jìn)一步研究LUADs中記憶B細(xì)胞的成熟狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性，作者根據(jù)其IgA/IgG基因的表達(dá)，定義了三個發(fā)育階段早期、中期和晚期GC階段，然后進(jìn)行CytoTRACE細(xì)胞分化分析。一致的是，與早期GC階段的記憶B細(xì)胞相比，晚期GC階段的細(xì)胞可能分化程度更高，表現(xiàn)為CytoTRACE得分明顯較低（圖3G）。此外，軌跡早期的記憶B細(xì)胞大多是CD27-，未轉(zhuǎn)換，具有最低的BCR特征分?jǐn)?shù)，并且大多來自正常的肺組織，而軌跡晚期的細(xì)胞是CD27+，轉(zhuǎn)換，具有最高的BCR特征分?jǐn)?shù)，并且?guī)缀踔粊碜阅[瘤組織（圖3H-I）。
沿著軌跡對前3000個可變基因的表達(dá)動態(tài)分析顯示了與記憶性B細(xì)胞分化有關(guān)的不同生物過程（圖3J）。作者還發(fā)現(xiàn)相對于早期記憶B細(xì)胞，晚期上調(diào)的基因（如XBP1、MZB1和JCHAIN）和下調(diào)的基因（如CXCR5、CCR7、CD69和BACH2），與之前報道的這些基因在B細(xì)胞分化中的作用一致（圖3K），意味著LUADs中的記憶B細(xì)胞可能是在分化軌跡的晚期階段產(chǎn)生。IgA1 +和IgG1 +細(xì)胞是scBCR-seq顯示的最豐富的類別轉(zhuǎn)換亞群（圖3L，頂部），這一觀察在TCGA-LUAD大型隊列中得到證實（圖3L，底部）。此外，還觀察到IgM + /IgD +細(xì)胞的比例逐漸減少，IgA +細(xì)胞的比例增加，與LUADs的距離越來越近，因此，腫瘤組織中轉(zhuǎn)換型與非轉(zhuǎn)換型的比例明顯增加（圖3M）。結(jié)果表明，具有不同分化狀態(tài)的B細(xì)胞和PC在肺部表現(xiàn)出不同的轉(zhuǎn)錄和表型特征，以及地理空間的異質(zhì)性（圖3I和3N）。
在LUADs、吸煙者中，BCR克隆型的多樣性較高，克隆性較低，并且隨著病理階段的增加而增加。
為了更好地了解LUADs和鄰近組織的免疫球蛋白重現(xiàn)，作者分析了在同一cDNA文庫上產(chǎn)生的配對scBCR-seq數(shù)據(jù)，并確定了72,949個具有生產(chǎn)性VDJ重排的細(xì)胞。作者觀察到腫瘤組織中獨(dú)特的BCR克隆型的數(shù)量明顯增加，即其BCR重排的多樣性更高（圖4A）。我們檢測到腫瘤組織中擴(kuò)大的BCR克隆型的數(shù)量增加，但克隆頻率相對較低，即BCR復(fù)合物的克隆大小分布的不均勻性低于正常組織，在正常組織中少數(shù)擴(kuò)大的克隆在復(fù)合物中占主導(dǎo)地位（圖4B，左）。同樣，還觀察到吸煙者與非吸煙者相比，BCR克隆的不均勻性較低（圖4B，中），而且隨著病理階段的增加，BCR克隆的不均勻性也在增加（圖4B，右）。
作者測量了來自一個特定地理空間位置（如LUAD）的樣本中的BCR組合與來自另一個位置（如遠(yuǎn)處的正常肺）的BCR組合的重疊情況。來自正常肺組織的BCR克隆型有38.9%與來自LUADs的BCR克隆型是共享的，相反，來自LUADs的BCR克隆型基本上是獨(dú)特的，與鄰近組織共享的克隆比例低得多（6.6%）（圖4C）。值得注意的是，當(dāng)根據(jù)LUADs中檢測到的BCR克隆型是否為腫瘤所獨(dú)有時，作者觀察到與正常組織共享的BCR克隆型是高度擴(kuò)展的，與之相反，腫瘤獨(dú)有的克隆型擴(kuò)展較少，主要由小克隆和單克隆組成，特別是在吸煙者中（圖4D）。
腫瘤中Ig類別轉(zhuǎn)換、VDJ基因使用和expanded PCs的不同情況
在這一部分，作者按照Ig亞類（即IgG3、IgG1、IgA1、IgG2、IgG4和IgA2）編碼基因的基因組坐標(biāo)（5’至3’）。結(jié)果表明LUADs的B細(xì)胞可能經(jīng)歷了獨(dú)特的V(D)J重排。最后，通過整合scRNA-seq和scBCR-seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)擴(kuò)增克隆的細(xì)胞是PC（圖4F）。擴(kuò)增最多的前15個克隆幾乎都被映射到PC的集群中（圖4G）。
LUADs中BCR體細(xì)胞高突變（SHM）的地理空間特征
GCs中B細(xì)胞的親和力成熟是反復(fù)幾輪克隆擴(kuò)增加上體細(xì)胞超突變（SHM）的結(jié)果，然后是基于親和力的抗原特異性B細(xì)胞選擇（圖4H，左）。通常情況下，高的SHM頻率表明有很強(qiáng)的抗原特異性親和力。作者使用scBCR-seq數(shù)據(jù)量化了SHM水平，并在此基礎(chǔ)上將細(xì)胞分為4組：非（無SHM）、低（突變頻率3%）和高SHM（>3%）。作者觀察到幼稚B細(xì)胞的BCR中沒有SHM，記憶B細(xì)胞的BCR中有低或中等水平的SHM，而PC的BCR中有高水平的SHM（圖4H，右；4I）。具有高SHM頻率的細(xì)胞的克隆型大小相對較大（圖4J）。罕見的IgD + PC亞群表現(xiàn)出最高的SHM頻率（圖4I），與IgD + B細(xì)胞在超級抗原驅(qū)動的GC反應(yīng)中發(fā)展的假說一致。作者還觀察到SHM頻率隨著與腫瘤的距離增加而逐漸增加，并且在切換和未切換的細(xì)胞中都是如此（圖4K-L）。
B細(xì)胞趨化性CXCL13-CXCR5軸在早期LUAD發(fā)展中的作用
為了了解LUADs中TIBs的招募，作者檢查了已知的B細(xì)胞吸引劑的表達(dá)，包括CXCL13，這對B細(xì)胞招募和三級淋巴結(jié)構(gòu)（TLSs）的形成至關(guān)重要（圖5A），以及其他趨化因子及其受體，包括CCR7-CCL19/CCL21，CXCR4-CXCL12，CXCR3-CXCL9/10/11，以及CCR6-CCL20。其中，CXCL13-CXCR5趨化因子軸似乎在早期LUADs中占優(yōu)勢。在LUADs中，TME細(xì)胞中的CXCL13+T細(xì)胞和CXCR5+B細(xì)胞都高度富集（圖5B），并且在TCGA-LUAD隊列中，CXCL13的表達(dá)也高于正常肺組織。
作者使用nanoString GeoMx digital spatial profiler (DSP) 平臺對4個LUADs和配對的正常肺組織中的CXCL13蛋白（BCA1抗體）表達(dá)，并且定義T細(xì)胞（CD3）、B細(xì)胞（CD20）和腫瘤區(qū)間（泛細(xì)胞角蛋白）的線型標(biāo)記物進(jìn)行了表征。根據(jù)形態(tài)學(xué)標(biāo)志物的表達(dá)，B細(xì)胞、T細(xì)胞或腫瘤細(xì)胞富集（圖5C）。在正常肺或T/LA-/BCA-的ROI中沒有或很少觀察到B細(xì)胞。LA/BCA1+ROI中的B細(xì)胞數(shù)量明顯增加（圖5D）。為了更全面地了解LA的空間分布，作者使用Visium平臺（10X Genomics）對scRNA-seq隊列中兩個病人的4個樣本進(jìn)一步進(jìn)行了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）。雖然T細(xì)胞總體上是CXCL13產(chǎn)生的主要來源，但單細(xì)胞分析表明，大多數(shù)CXCL13+細(xì)胞是CD4 Tfh和CD8衰竭T細(xì)胞（Tex），其次是CD4調(diào)節(jié)性T細(xì)胞（Treg）和增殖性Tregs，而只有非常小的CD8效應(yīng)T（Teff）細(xì)胞和CD8常駐記憶T（Trem）細(xì)胞的亞群表達(dá)CXCL13（圖5E）。
然后，作者研究了LUADs中CXCL13生產(chǎn)的細(xì)胞來源是否隨著疾病的發(fā)展和進(jìn)展而演變。在這個隊列和另外3個公共scRNA- seq數(shù)據(jù)集中，觀察到LUADs與正常肺組織中Tregs的CXCL13+細(xì)胞的相對比例明顯增加（圖5F）。在TCGA--LUAD隊列中也發(fā)現(xiàn)了CXCL13的表達(dá)增加，并注意到CXCL13的水平從正常肺到非典型腺瘤性增生（AAH），即LUAD最早的前體病變，直至浸潤性LUAD（圖5G，左）。一致的是，B細(xì)胞和PC特征分?jǐn)?shù)也沿著這個病理譜系逐漸增加（圖5G，中間和右邊）。
免疫調(diào)節(jié)基因的表達(dá)和TIB表型的異質(zhì)性
作者確定了有CXCL13表達(dá)和無CXCL13表達(dá)的腫瘤相關(guān)LA（分別為LA/BCA+和LA/BCA-）之間B細(xì)胞區(qū)間的免疫生物標(biāo)志物表達(dá)的差異。相對于LA/BCA-ROIs，LA/BCA+ROIs的B細(xì)胞區(qū)塊顯示CD27、CD40的表達(dá)明顯增加，CTLA-4、LAG3以及PD-L1的表達(dá)減少。此外，作者探究了TME內(nèi)各種細(xì)胞群產(chǎn)生的細(xì)胞因子如何調(diào)節(jié)B細(xì)胞的類別轉(zhuǎn)換重組（CSR）和PC的產(chǎn)生。然后作者量化了免疫和基質(zhì)細(xì)胞亞群中誘導(dǎo)IgG（IFN- ，TNF）和IgA（TGF- ，IL-6和IL-10）CSR的細(xì)胞因子的表達(dá)水平（圖5H）。作者將分析集中在TGFB1上，已知它在促進(jìn)人類B細(xì)胞的IgA同種型轉(zhuǎn)換中至關(guān)重要。雖然TGFB1被各種細(xì)胞類型廣泛表達(dá)，但值得注意的是，相對于匹配的正常肺組織，TGFB1在本文的隊列（圖5I）和Kim等人的數(shù)據(jù)集中LUADs的癌相關(guān)成纖維細(xì)胞（CAFs）中明顯更高。此外，作者利用Visium的數(shù)據(jù)進(jìn)行了TGFB1表達(dá)細(xì)胞的空間映射，觀察到TGFB1的強(qiáng)烈表達(dá)，特別是在富含成纖維細(xì)胞的空間區(qū)域，如成纖維細(xì)胞的典型標(biāo)志物的高表達(dá)（圖5J）。這些結(jié)果表明，CAFs中TGFB1的上調(diào)可能與LUADs中IgA+PC的比例增加有關(guān)。
記憶B細(xì)胞和IgA+ PC與CD4 Tregs和CD8 Tex強(qiáng)烈共存，與細(xì)胞毒性T細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)
為了更好地了解各種TIB亞群如何影響TME的功能表型，作者首先測量了TIB亞群中免疫調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。作者進(jìn)一步檢查了細(xì)胞狀態(tài)與其他28個免疫和基質(zhì)細(xì)胞亞群的共同關(guān)聯(lián)關(guān)系，并發(fā)現(xiàn)記憶B細(xì)胞和IgA + PC與CD4 + Tfh、Treg和CD8 + Tex細(xì)胞強(qiáng)烈共存（圖5K-L）。通過對大量RNA-seq數(shù)據(jù)的免疫去卷積分析，我們還觀察到TCGA-LUAD隊列中PC和Treg/Tex的簽名分?jǐn)?shù)之間的正相關(guān)關(guān)系（圖5M）。這些結(jié)果表明，LUADs中TIBs和各種TME細(xì)胞之間存在明顯的共同關(guān)聯(lián)關(guān)系和串?dāng)_。
總結(jié)：
這項研究為腫瘤浸潤性B細(xì)胞（TIBs）的轉(zhuǎn)錄、克隆型狀態(tài)和表型提供了急需的理解，揭示了它們在早期LUADs免疫病理中的潛在作用，并為治療這種惡性疾病的TIBs靶向免疫療法的開發(fā)提供了路線圖。文章的分析思路很不錯，大家快學(xué)習(xí)起來吧！
參考文獻(xiàn)：
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