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最新細(xì)胞死亡方式之雙硫死亡！快人一步生信切入點！
最近，發(fā)表在Nature Cell Biology雜志上的“雙硫死亡”想必已經(jīng)多次呈現(xiàn)在各位面前了，in one word，甘波誼和陳俊杰團(tuán)隊的研究成果Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediated disulfidptosis，詳細(xì)介紹了一種二硫化物應(yīng)激誘導(dǎo)細(xì)胞死亡的機(jī)制——Disulfidptosis（雙硫死亡），可能為新的癌癥治療策略打開大門。
雙硫死亡到底是什么？簡單來說，研究人員發(fā)現(xiàn)了一種先前無法解釋的細(xì)胞死亡類型：由細(xì)胞內(nèi)過量胱氨酸積累引起的二硫化物應(yīng)激（disulfide stress）導(dǎo)致的快速死亡方式。換言之，在葡萄糖缺乏的SLC7A11-high癌細(xì)胞中，大量積累的二硫化物分子導(dǎo)致肌動蛋白細(xì)胞骨架蛋白之間的異常二硫化物鍵合，干擾其組織，最終導(dǎo)致肌動蛋白網(wǎng)絡(luò)崩潰和細(xì)胞死亡。
Ps: 如果想看這篇文章的詳細(xì)解讀，可以網(wǎng)頁搜索“雙硫死亡”（“四面八方的大神已經(jīng)各顯神通啦”）~
關(guān)注過公眾號文章的小伙伴應(yīng)該有印象，之前已經(jīng)為大家分享過非常多的細(xì)胞死亡的文章以及生信思路，例如細(xì)胞焦亡、壞死性凋亡、泛凋亡、銅死亡、失巢凋亡等等。今天給大家?guī)淼氖恰半p硫死亡“！但是，針對此次新晉黑馬，對于原文的解讀網(wǎng)上已經(jīng)一大堆了，小編不想再浪費大家的寶貴時間，所以今天小編不解讀文章，而是跟大家聊聊生信的可切入點。
細(xì)胞死亡領(lǐng)域元老級別的鐵死亡、細(xì)胞焦亡、壞死性凋亡加上去年的大熱門銅死亡，各種各樣的生信分析數(shù)不勝數(shù)。雙硫死亡作為這次的新晉成員，我們可以發(fā)揮的空間真的太多了，多到選擇困難癥都要犯了。不過各位放心，小編今天從易到難為大家整理各個水平的雙硫死亡生信思路。
在這之前，先回顧整個文章的研究，從已有程序性死亡方式入手，使用抑制劑一一排除，再基于數(shù)據(jù)庫或已有研究基礎(chǔ)找到這種新型死亡方式的誘導(dǎo)因素，從而命名為“雙硫死亡”。在對于這種新型死亡方式的機(jī)制探索中，通過組學(xué)手段進(jìn)行關(guān)鍵分子或關(guān)鍵通路的篩選，最后基于已有的研究背景整合推測可能機(jī)制，進(jìn)行分子機(jī)制的驗證。回顧一下銅死亡就會發(fā)現(xiàn)，此次雙硫死亡的研究手法與銅死亡的論文居然如此異曲同工。So，生信思路現(xiàn)成的研究案例這不就來了！
思路一、雙硫死亡相關(guān)signature
當(dāng)我們拿到一個基因集合的時候，最基礎(chǔ)的思路就是基于這個基因集合進(jìn)行篩選，并且構(gòu)建一個signature。以鐵死亡、細(xì)胞焦亡和銅死亡為例，最簡單的便是構(gòu)建預(yù)后signature。特點是速度快且直切重點，不到兩個月就能輕松做出一個3-5水平的結(jié)果，運氣好投到一個潛力股期刊的話，還能借勢漲分噢。
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上述文章可以代表這個水平兩個非常經(jīng)典的思路，一是基于基因集合本身進(jìn)行篩選和構(gòu)建signature；二是先聚類識別不同的亞型，再選擇不同亞型間特征構(gòu)建signature。銅死亡已經(jīng)就這么發(fā)了很多文章了。同樣作為細(xì)胞死亡的雙硫死亡，從數(shù)據(jù)層面來總結(jié)，就是換了個基因集合而已。
思路二、單細(xì)胞數(shù)據(jù)出發(fā)或者單細(xì)胞聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)
生信文章目前已經(jīng)很卷了，但是單細(xì)胞依然是文章除了熱點方向之外很好的加分項。以鐵死亡為例，單純挖掘單細(xì)胞數(shù)據(jù)或者聯(lián)合bulk RNA數(shù)據(jù)，已經(jīng)能夠輕松做到6-8的水平。只不過與前兩個經(jīng)典方式比起來，分析難度提升了不少，也更考驗大家對于結(jié)果分析解讀的功力。
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思路三、泛癌分析
針對某個基因集合的泛癌刻畫現(xiàn)在已經(jīng)趨于成熟了，基本上只要基因集合挑得恰當(dāng)，連單細(xì)胞數(shù)據(jù)都不用加就能做到10以上。哪怕是小范圍的泛癌也可以輕松做到5起底的水平。從下面這兩篇文章我們可以看到，期刊和審稿人對這種形式還是非常愿意接收的。
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思路四、雙硫死亡相關(guān)疾病分型
基于某個基因集合的分子分型可以很好的關(guān)聯(lián)臨床，同樣是非常經(jīng)典的思路。當(dāng)然與思路一的區(qū)別在于分析內(nèi)容相對較多，書寫起來也相對復(fù)雜一點。不過如果結(jié)果很好的話，是有機(jī)會沖高分的。同樣以鐵死亡和細(xì)胞焦亡為例，我們可以看到兩篇文章來自于同一個7分以上的雜志。說明這種XX相關(guān)疾病分型的方式完全可行，那我們換一個死亡方式基因集為什么不可以呢？
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思路五、非編碼RNA
非編碼RNA不用多說，之前為大家介紹的鐵死亡lncRNA是能夠發(fā)到Nature Communications的。不過目前針對從非編碼RNA的角度切入，還是建議再等等，等到雙硫死亡被研究的相對成熟的時候，再把非編碼RNA拎出來，畢竟在初期可能不好找證據(jù)來證明其調(diào)控作用。
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思路六、雙硫死亡數(shù)據(jù)庫
FerrDB這個數(shù)據(jù)庫相信大家都知道，鐵死亡研究利器，去年底已經(jīng)V2版本已經(jīng)正式上線。雖然現(xiàn)在雙硫死亡的概念剛提出，但是如果想沖擊一下19分的NAR，現(xiàn)在就可以開始收集文章了。不過這項工作周期較長，非?？简?zāi)托脏迆
結(jié)語
除了前面為大家整理的六個思路之外，其實想抓住雙硫死亡這個點，還有非常多的角度，正如前文所說，留給我們的空間實在太多。而且目前很多思路都已經(jīng)非常成熟，比的就是誰更快。就像別人還在品味原文研究思路的時候，我們已經(jīng)快人一步梳理出了可以切入的研究角度了。不想錯過這次機(jī)會的話，趕快掃碼上車。
