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耳朵里已經(jīng)灌滿“銅死亡”了吧？今天不說它，來點不一樣的、簡單實用可復現(xiàn)的東西。小編曾為大家推出了一個TCGA精選系列的文章，時隔多日，小編攜第二篇文章與大家見面。轉(zhuǎn)移一直是多數(shù)腫瘤待解決的難題，與低生存率密切相關(guān)，但至今機制未明。今天給大家分享的這篇文章是2022年2月發(fā)表在Cancer Science（IF: 6.716，中科院升級版醫(yī)學二區(qū)，生信友好期刊），轉(zhuǎn)移性皮膚黑色素瘤相關(guān)的文章：
背景簡述
第一段：由于免疫療法的最新進展，皮膚和皮膚黑色素瘤（SKCM）患者的總生存期有所提高；然而，轉(zhuǎn)移性患者的5年生存率仍然很低。黑色素瘤患者的預后由于轉(zhuǎn)移、耐藥性和復發(fā)的發(fā)生，病情仍較差。最近的研究主要集中在篩選晚期SKCM中更有效的潛在免疫相關(guān)致癌突變，識別新的生物標志物和潛在的藥物靶點，提高黑色素瘤預后的準確性。
第二段：分化簇4（CD4）記憶T細胞是抗原特異性CD4+T細胞，在初級T細胞反應的擴張、收縮和記憶階段后持續(xù)存在；這些細胞在未來遇到特定抗原時提供終身、即時和加速的反應。最近的研究表明，CD4+記憶激活T細胞浸潤在結(jié)直腸癌組織明顯高于正常組織，并且在T1-2階段比T3-4階段更高。此外，瘤內(nèi)CD4+T細胞密度已被證明是一個可靠的結(jié)直腸癌患者預后指標。它可能是許多癌癥的不良預后因素，如腎癌、前列腺癌、肺癌和乳腺癌。
第三段：著絲粒蛋白F（CENPF）是一種~350-kDa蛋白，編碼著絲粒-著絲粒復合物相關(guān)蛋白，在間期g2后期組裝到著絲點上。它與各種人類腫瘤的進展有關(guān)，如肝細胞癌、乳腺癌、非霍奇金淋巴瘤、和肺腺癌。然而，CENPF在SKCM中的免疫調(diào)節(jié)功能及其在臨床黑色素瘤標本中的表達尚未被研究。
第四段：在本研究中，作者基于多個在線數(shù)據(jù)庫以及一系列的工作證實了CENPF在黑色素瘤中高表達，是SKCM預后和轉(zhuǎn)移的一個有價值的預測因子。
背景寫作解析
介紹部分依舊是四段式構(gòu)成，第一段表明皮膚黑色素瘤的研究現(xiàn)狀；第二段介紹CD4+記憶T細胞及其與近期相關(guān)研究信息；第三段表明研究對象也就是CENPF的現(xiàn)狀以及其作為預測標志物的潛力；最后一段書寫本研究內(nèi)容梗概。
材料與方法簡述
1. 差異表達基因（DEG）分析
2. hub基因的鑒定
3.免疫熒光染色和倫理聲明（染色所用組織來自于患者，必須有相應的倫理聲明）
4. 熒光多重免疫組化分析
5. WGCNA（模塊特征基因用于估計模塊與臨床特征之間的相關(guān)性）
6. CIBERSORT（探討CENPF與免疫細胞亞型之間的關(guān)系）
7. ssGSEA（探討免疫細胞類型的浸潤水平和免疫相關(guān)基因）
8. TMB的估計和預后分析
9. TIMER數(shù)據(jù)庫分析
10. 列線圖的構(gòu)造和驗證
11. 統(tǒng)計分析
材料與方法寫作解析
這一部分其實并不復雜，描述利用哪些方法做了哪些分析就可以（其實就算不懂專業(yè)術(shù)語描述也不用擔心……小編不能更直白地說了）
結(jié)果
1. SKCM中差異表達基因的鑒定以及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的構(gòu)建及關(guān)鍵模塊的分析：SKCM與對照組之間，利用多套數(shù)據(jù)集篩選出共同的差異表達基因（圖2A-E），并構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡（PPI）識別出關(guān)鍵模塊（圖2F），并確定了4個hub基因：CCNB1，CDK2，CENPF和KIF20A，篩選過程和結(jié)果可以利用表格形式展示在文章中也可以放在補充材料。
2. CENPF的高表達與低生存率顯著相關(guān)：hub基因中，CENPF在SKCM轉(zhuǎn)移腫瘤中的表達明顯高于SKCM原發(fā)腫瘤（圖3A）。為了驗證這些基因的表達，作者利用GEO數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)進行ROC曲線分析，評估診斷SKCM的敏感性和特異性。如圖3B所示，CENPF的AUC值為0.954，表明與SKCM診斷有顯著相關(guān)性。此外，基于TCGA和GTEx數(shù)據(jù)的分析結(jié)果顯示，與正常組織相比，CENPF的轉(zhuǎn)錄水平在SKCM組織升高（圖3C）。此處作者展示的是泛癌中CENPF的轉(zhuǎn)錄水平。通過免疫熒光分析，作者在臨床黑色素瘤和正常皮膚樣本中證實了SKCM組織中CENPF的表達高于正常組織（圖3D；實驗驗證）。隨后的生存分析顯示CENPF與SKCM低生存率顯著相關(guān)（圖3E和F），且CENPF對SKCM的診斷具有較高的敏感性和特異性。至于生存分析相關(guān)的單因素和多因素cox等分析過程中產(chǎn)生的圖，可以放在補充材料，此處作者選擇以表格的形式展示。
3. CENPF與轉(zhuǎn)移的臨床特征顯著相關(guān)：作者基于臨床特征利用WGCNA構(gòu)建了13個包含6000個基因的共表達模塊（圖4A），并篩選出與轉(zhuǎn)移密切相關(guān)的模塊，其中包含CENPF（圖4B和C）。
4. 原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性黑色素瘤中免疫細胞浸潤的評估：轉(zhuǎn)移性黑色素瘤組織中CD4+記憶激活的T細胞和漿細胞的比例較高（圖5A）。激活的CD4+記憶T細胞與21個免疫細胞之間的相關(guān)性如圖5B和C所示，CD4+記憶激活T細胞與靜息NK細胞、gamma delta T細胞、M2巨噬細胞、單核細胞、中性粒細胞、漿細胞、活化肥大細胞和嗜酸性粒細胞呈正相關(guān)。采用Spearman相關(guān)性檢測CENPF表達與CD4+記憶激活T細胞之間的線性相關(guān)性（圖5D）。圖5E展示CENPF高表達組和CENPF低表達組的22個免疫相關(guān)細胞和類型的熱圖。
5. CENPF與黑色素瘤中CD4+記憶T細胞相關(guān)性分析：CENPF的表達與CD4+記憶T細胞的表型標記物如IL-23A、CD62L和CD28呈正相關(guān)，與記憶T細胞的存活和生成相關(guān)的調(diào)節(jié)因子如IL-7和IL-15呈負相關(guān)（圖6A和C-G）。并且CENPF的表達與TMB相關(guān)（圖6B）。免疫熒光分析顯示CENPF在黑色素瘤組織中與IL23A和CD4高共表達（圖6H和I，實驗驗證）。
6. 構(gòu)建列線圖和生存曲線驗證：該模型可通過將總分相加并找到每個時間點的匹配位置來快速確定估計的生存概率（圖7A）。為了評估該預測列線圖的效率，作者計算了模型的C-index為0.683（標準誤差為0.044），從而證實了CENPF列線圖是中等準確的。1年、3年、5年和7年的偏倚校正線接近理想曲線，表明CENPF列線圖預測結(jié)果與實際的1年、3年、5年和7年總生存率一致（圖7B-E）。此外，使用列線圖評分的中位數(shù)區(qū)分了兩個風險亞組（低風險亞組和高風險亞組）。KM生存曲線log-rank檢驗顯示，低風險亞組的生存率優(yōu)于高風險亞組（圖7F），從而證實了CENPF列線圖模型的預后價值和CENPF突變對SKCM患者生存反應的高預測價值。
結(jié)果寫作解析
只要理清了分析思路，結(jié)合結(jié)果的呈現(xiàn)，就可以很順暢地描述自己的分析結(jié)果，這其實應該可以說是整篇文章中寫作難度比較低的一部分。沒有什么套路可言，多看一些相關(guān)文獻描述就能get。對于結(jié)果的意義如果能適當展開并逐步遞進，會更精彩。
討論寫作解析
討論部分作者在前三段展開描述了黑色素瘤、CENPF和CD4+記憶激活T細胞相關(guān)的研究進展，穿插概述本研究的相應結(jié)果以及針對結(jié)果適當?shù)耐卣?。第四段圍繞本研究構(gòu)建的列線圖顯示出對癌癥預后有準確的預后預測能力展開描述。最后一段則是本研究的結(jié)論。這篇文章的討論部分整體來說就是平鋪直敘，比較簡單，適合新手寫作。
小結(jié)
在本研究中，作者系統(tǒng)地分析了GEO和TCGA的SKCM數(shù)據(jù)，采用了一系列的分析方法，發(fā)現(xiàn)CENPF值在SKCM中表達較高，并顯著影響SKCM患者的轉(zhuǎn)移和生存。通過CIBERSORT、ssGSEA和免疫熒光分析顯示了CENPF和CD4+記憶激活T細胞浸潤之間的潛在關(guān)聯(lián)，支持了CENPF對SKCM患者的免疫治療價值。
這樣一篇有分析有驗證結(jié)構(gòu)完整邏輯清晰的文章還是值得關(guān)注的，利用腫瘤的公共數(shù)據(jù)分析結(jié)合染色實驗，探究原發(fā)及轉(zhuǎn)移性腫瘤間的差異，揭開腫瘤轉(zhuǎn)移的秘密，是一個很有意義和探討價值的科學問題。而從這個出發(fā)點開始，相信后續(xù)也可以延伸出更多的研究和成果，是一個長遠且有希望的課題，既可以解決“燃眉之急”又可以“蓄力而勃發(fā)”，何樂而不為呢？小編多說一句，好的出發(fā)點加上完整的分析以及更加出色的結(jié)果分析能力和寫作水平，出彩的文章基本不在話下。
公共數(shù)據(jù)庫挖掘個性化分析
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