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還記得去年六月份的時(shí)候（沒錯(cuò)，2021.06已經(jīng)是去年了）為大家分享了細(xì)胞焦亡的專題，提到了細(xì)胞焦亡的研究潛力。在專題推出一個(gè)月之后，小編為大家整理了截止到七月十三號的所有純生信細(xì)胞焦亡文章，一共三篇。2021年已經(jīng)結(jié)束了，我們再回頭看看目前細(xì)胞焦亡純生信文章的情況。
截止到2022.01.17，一共檢索到47篇純生信或者生信為主（添加少量實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證）的文章，文章水平在IF 2-9；除了一篇非腫瘤疾病研究，其余的文章都是腫瘤研究；此外，出現(xiàn)了一篇IF 6+的泛癌分析文章。
由于涉及的腫瘤類型非常多，小編僅針對乳腺癌，為大家解析去年乳腺癌細(xì)胞焦亡的純生信文章都是如何構(gòu)思的。
1.Identification of Novel Pyroptosis-Related lncRNAs Associated with the Prognosis of Breast Cancer Through Interactive Analysis
細(xì)胞焦亡和lncRNA在乳腺癌中的作用仍然具有爭議，作者以此為背景探索乳腺癌中細(xì)胞焦亡相關(guān)的lncRNA。
作者將TCGA數(shù)據(jù)分為訓(xùn)練集和驗(yàn)證集，基于33個(gè)文獻(xiàn)收集的細(xì)胞焦亡基因，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并探索其功能。在abs R>0.4的基礎(chǔ)上篩選相關(guān)lncRNA，采用單變量cox，LASSO和多變量cox構(gòu)建預(yù)后模型。在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中探索其預(yù)后效能、獨(dú)立性以及臨床特征相關(guān)性；通過GSEA和免疫浸潤探索其分子機(jī)制并使用qRT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證。
2.Molecular Characteristics, Clinical Implication, and Cancer Immunity Interactions of Pyroptosis-Related Genes in Breast Cancer
細(xì)胞焦亡是一種全新的程序性細(xì)胞死亡的炎癥形式，然而，還沒有研究在乳腺癌中報(bào)道細(xì)胞焦亡相關(guān)基因的預(yù)后意義。因此，作者系統(tǒng)地表征了細(xì)胞焦亡相關(guān)基因在乳腺癌中特異的功能和臨床意義。
基于TCGA數(shù)據(jù)和33個(gè)文獻(xiàn)收集的細(xì)胞焦亡基因，作者探索了細(xì)胞焦亡的基因水平和轉(zhuǎn)錄水平，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并分析其功能。采用單變量cox和多變量cox構(gòu)建逐步回歸模型，在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中分析模型預(yù)后效能（DFS）、獨(dú)立性以及臨床特征相關(guān)性。通過免疫特征和GSEA解析其分子機(jī)制并構(gòu)建nomogram。最后利用WB和IF進(jìn)行驗(yàn)證。
3.A Novel Pyroptosis-Associated Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis and Tumor Immune Microenvironment of Patients With Breast Cancer
細(xì)胞焦亡作為一種程序性細(xì)胞死亡在腫瘤發(fā)生和進(jìn)展中發(fā)揮重要作用，其特點(diǎn)是破壞細(xì)胞膜并釋放炎性物質(zhì)。然而，很少有研究在乳腺癌中聚焦細(xì)胞焦亡相關(guān)的lncRNA。作者的目的是在乳腺癌中探索細(xì)胞焦亡相關(guān)lncRNA的預(yù)后作用及其與TME的相關(guān)性。
作者將TCGA數(shù)據(jù)分為訓(xùn)練集和驗(yàn)證集，基于27個(gè)MSigDB獲取的細(xì)胞焦亡基因，在abs R>0.3的基礎(chǔ)上識別細(xì)胞焦亡相關(guān)lncRNA。采用單變量cox和多變量cox構(gòu)建逐步回歸模型，使用兩套mRNA數(shù)據(jù)分析乳腺癌中細(xì)胞焦亡通路活性水平。在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中評估模型預(yù)后效能和獨(dú)立性，并構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。通過GSEA和免疫微環(huán)境探索其分子機(jī)制，并構(gòu)建nomogram。
4.Comprehensive Analysis of Pyroptosis-Related Genes and Tumor Microenvironment Infiltration Characterization in Breast Cancer
免疫治療已經(jīng)成為許多癌癥的重要治療策略。免疫治療的積極反應(yīng)依賴于腫瘤微環(huán)境中腫瘤細(xì)胞和浸潤淋巴細(xì)胞的動(dòng)態(tài)互作。細(xì)胞焦亡作為一種炎癥誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡，與多種癌癥具有復(fù)雜的相關(guān)性。然而，乳腺癌中細(xì)胞焦亡與臨床預(yù)后，免疫細(xì)胞浸潤以及免疫治療響應(yīng)的關(guān)系仍然不清楚。
基于TCGA數(shù)據(jù)和33個(gè)文獻(xiàn)獲取的細(xì)胞焦亡基因，作者探索了細(xì)胞焦亡基因的突變與CNV。合并TCGA與GEO數(shù)據(jù)之后采用無監(jiān)督聚類識別不同的細(xì)胞焦亡模式，并探索組間免疫微環(huán)境和功能差異。通過PCA的方式構(gòu)建單個(gè)患者細(xì)胞焦亡得分并評估其預(yù)后效能和免疫治療預(yù)測效能。
5.Identification of pyroptosis-related lncRNAs for constructing a prognostic model and their correlation with immune infiltration in breast cancer
炎癥小體依賴的細(xì)胞死亡--細(xì)胞焦亡，可能在腫瘤發(fā)生和進(jìn)展中受到異常調(diào)控。LncRNA是乳腺癌核心的調(diào)節(jié)因子，具有成為乳腺癌治療診斷biomarker的潛力。作者旨在識別乳腺癌中預(yù)后相關(guān)的lncRNA以構(gòu)建預(yù)后模型并探索其與免疫浸潤的關(guān)系。
基于TCGA數(shù)據(jù)和文獻(xiàn)獲取的33個(gè)細(xì)胞焦亡基因，在pearson.cor.p<0.05的基礎(chǔ)上識別16個(gè)預(yù)后相關(guān)lncRNA。采用LASSO cox構(gòu)建8個(gè)lncRNA的預(yù)后模型并驗(yàn)證其獨(dú)立性。通過GSEA和免疫特征解析其分子機(jī)制，最后使用qRT-PCR驗(yàn)證高低分組間表達(dá)水平。
總的來說，去年細(xì)胞焦亡乳腺癌一共發(fā)表五篇文章。按照時(shí)間順序，四篇都集中在九月，一篇在十一月。LncRNA研究占3/5，添加實(shí)驗(yàn)的同樣占3/5。當(dāng)然了，這五篇文章水平參差不齊，有的甚至出現(xiàn)了圖文不對應(yīng)會嚴(yán)重影響結(jié)果的情況；不過還是可以給我們一些提示，細(xì)胞焦亡的腫瘤研究潛力是巨大的！
