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科研道路千萬條，單基因研究為第一條。單基因的研究首先要做的也是最重要的就是挑選研究基因，畢竟一個(gè)有研究意義的基因直接關(guān)乎了做實(shí)驗(yàn)結(jié)果的好壞以及是否能被審稿人認(rèn)可。怎么從生信的角度去挑選基因和設(shè)計(jì)研究思路呢，小編從最近幾篇發(fā)表的單基因文章給大家分享下別人怎么做單基因的路子。
單基因相關(guān)表型：媲美PD-1免疫治療補(bǔ)充靶點(diǎn)：Siglec15相關(guān)表型分析
導(dǎo)讀：這篇文章沒有涉及一丟丟的實(shí)驗(yàn)，刻畫了19年《Nature Medicine》發(fā)表的文章Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy研究的免疫治療潛力靶點(diǎn)Siglec-15的相關(guān)亞型，分析很簡單4.9分。選擇大于努力，科研同樣適用。
1、Siglec15表達(dá)關(guān)聯(lián)臨床表型分析
2、Siglec15相關(guān)的乳腺癌亞型識別
3、Siglec15相關(guān)的乳腺癌亞型關(guān)聯(lián)免疫浸潤
4、Siglec15相關(guān)亞型與免疫檢查點(diǎn)的相關(guān)性分析
5、Siglec15相關(guān)亞型關(guān)聯(lián)突變及生存差異分析
預(yù)后signature：PD-1表達(dá)和免疫浸潤相關(guān)基因預(yù)后模型
導(dǎo)讀：乳腺癌免疫原性較弱，突變負(fù)荷低于其他癌型，因此乳腺癌免疫治療尚未有新的進(jìn)展 。一些新的研究發(fā)現(xiàn)某些患者能夠從免疫治療聯(lián)合輔助化療中受益。文章的亮點(diǎn)在于從PD-1和TME兩個(gè)層面篩選相關(guān)因子，去構(gòu)建乳腺癌的預(yù)后signature以對預(yù)后分層。
1、分析PD-1對癌癥預(yù)后的影響以及在臨床因子中的表達(dá)情況和預(yù)后情況
2、WGCNA篩選PD-1表達(dá)相關(guān)基因
3、結(jié)合腫瘤免疫細(xì)胞浸潤篩選相關(guān)基因
4、PD-1表達(dá)和免疫浸潤相關(guān)基因預(yù)后模型構(gòu)建和驗(yàn)證
三、機(jī)制研究：RAD51 高表達(dá)與腫瘤侵襲性和更差預(yù)后相關(guān)
導(dǎo)讀：研究收集了大量的數(shù)據(jù)集：17個(gè)數(shù)據(jù)集8515樣本。從 RAD51與DNA修復(fù)機(jī)制展開研究，分析了RAD51與腫瘤進(jìn)展相關(guān)通路、TME、突變、藥物敏感性、預(yù)后等層面相關(guān)性。亦是單基因純生信分析，亮點(diǎn)在于數(shù)據(jù)量大、邏輯層層遞進(jìn)、涉及面廣。
1、RAD51基因表達(dá)與DNA損傷修復(fù)活性、癌細(xì)胞增殖、高突變頻率相關(guān)
2、RAD51高表達(dá)乳腺癌具有免疫原性并通過TME激活癌癥免疫
3、RAD51關(guān)聯(lián)藥物敏感性
4、RAD51高表達(dá)患者有更差的預(yù)后
總結(jié)：
今天分享的單基因3個(gè)思路分別研究的重點(diǎn)分別是：相關(guān)表型、預(yù)后signature、機(jī)制。當(dāng)然，單基因研究的路子遠(yuǎn)不止這三個(gè)，例如，之前生信人還分享過單基因的鋪平式泛癌思路。如果不會做單基因的分析，挑選一個(gè)最新報(bào)道功能強(qiáng)大的基因，然后換一種癌型進(jìn)行分析（由于人類癌癥的異質(zhì)性很大，同樣的基因在不同腫瘤中可能參與不同的功能通路）然后可以進(jìn)行類比，搬運(yùn)到別的腫瘤中進(jìn)行分析，添加一些加分項(xiàng)（eg.單細(xì)胞、實(shí)驗(yàn)等），言之有理即可。
單基因花式分析思路
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