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嘍，大家好！小編又來發(fā)福利啦~有手就會(huì)做的單基因干濕結(jié)合文章，就分享給你們嘍！這都2023年了，你不會(huì)還在寄希望于只做基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)研究，亦或是寄希望于純生信分析吧？聰明的同學(xué)，已經(jīng)開始學(xué)會(huì)在兩者之間尋找一個(gè)平衡點(diǎn)了。借助生信分析的手段，初步得到想要研究的實(shí)驗(yàn)對(duì)象，然后利用基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行簡(jiǎn)單驗(yàn)證，省事省力，關(guān)鍵是能省錢啊，如果遇到“摳門”的“老板”，再也不用擔(dān)心出不了理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果挨罵啦，畢竟哪個(gè)老板舍得罵會(huì)發(fā)高分文章又不浪費(fèi)科研經(jīng)費(fèi)的小寶貝呢！話不多說，上干貨！
本文1月分剛發(fā)表在《Cancers》雜志上，影響因子6.1，題目為“Clinical and Biological Significances of FBLN5 in Gastric Cancer”。。作者重點(diǎn)關(guān)注FBLN5在胃癌中的臨床意義和生物學(xué)作用，利用生物信息學(xué)和基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)相結(jié)合的方式，證實(shí)了FBLN5在評(píng)價(jià)胃癌患者預(yù)后方面的潛在應(yīng)用價(jià)值。
數(shù)據(jù)來源
1.TCGA數(shù)據(jù)庫：TCGA-STAD數(shù)據(jù)集
2.GEO數(shù)據(jù)庫：GSE15459、GSE62254數(shù)據(jù)集
3.HMU-GC隊(duì)列：哈爾濱醫(yī)科大學(xué)（HMU）腫瘤醫(yī)院接受根治性胃切除術(shù)的269例GC患者的腫瘤組織標(biāo)本、鄰近健康組織標(biāo)本和臨床數(shù)據(jù)
結(jié)果解讀
1. FBLN5 mRNA表達(dá)水平與預(yù)后、臨床病理特征的相關(guān)性
作者以FBLN5 mRNA表達(dá)水平的中位數(shù)為臨界值，將患者分為FBLN5高表達(dá)組和FBLN5低表達(dá)組。通過主成分分析（PCA），觀察到兩組之間的組內(nèi)和組間一致性（圖1A）。接下來，作者分析了高表達(dá)組和低表達(dá)組患者的生存率，發(fā)現(xiàn)與FBLN5低表達(dá)組相比（中位生存期為68.37個(gè)月），高表達(dá)組患者的生存率明顯較差（33.03個(gè)月）（圖1B）。在驗(yàn)證隊(duì)列中，觀察到相同的趨勢(shì)（圖1C）。隨后，作者使用TCGA數(shù)據(jù)庫評(píng)估FBLN5高表達(dá)組和低表達(dá)組患者的疾病特異性生存期（DSS）和無進(jìn)展間隔期（PFI），結(jié)果顯示，FBLN5高表達(dá)患者的DSS和PFI明顯較差（圖1D-E）。作者比較了訓(xùn)練隊(duì)列中腫瘤組織和腫瘤附近健康組織中FBLN5的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)FBLN5在癌細(xì)胞中的表達(dá)水平相對(duì)較高（圖1F）。分析FBLN5 mRNA表達(dá)水平與臨床特征的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)FBLN5表達(dá)水平與T分期、N分期和pTNM分期顯著相關(guān)（圖1G-I）。
2.FBLN5的生物學(xué)功能
基于limma分析，作者確定了2663個(gè)上調(diào)基因和5957個(gè)下調(diào)基因（圖2A），對(duì)這些基因進(jìn)行了GO分析和KEGG分析（圖2B-D）。GSEA分析結(jié)果顯示，與EMT信號(hào)傳導(dǎo)、TGF-β信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞凋亡、缺氧和血管生成等相關(guān)的信號(hào)通路在高FBLN5表達(dá)水平的患者中顯著富集（圖2F）。此外，作者分析了FBLN5的PPI網(wǎng)絡(luò)，并確定了FBLN5與LOX，LOX1L，LOX2L，LOX3L，LOX4L和ELN之間的相互作用（圖2G）。
接下來，作者通過繪制ROC曲線，分析了FBLN5，ELN，LOX，LOXL1，LOXL2，LOXL3和LOXL4 的預(yù)后能力（圖3A-G），發(fā)現(xiàn)單個(gè)基因判斷預(yù)后的能力較差。于是，又通過Cox方法評(píng)估了每個(gè)基因的預(yù)后意義，發(fā)現(xiàn)，FBLN5、ELN和LOX是預(yù)后相關(guān)的基因，構(gòu)建了預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型，結(jié)果顯示，預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分比單個(gè)基因具有更穩(wěn)定的預(yù)后能力（圖3H）。KM生存曲線分析發(fā)現(xiàn)，預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分較高的患者總生存率（OS）明顯較差（圖3I）。此外，作者建立了一個(gè)危險(xiǎn)因素圖來可視化預(yù)后模型的趨勢(shì)，其中包括FBLN5，ELN和LOX的表達(dá)（圖3J）。最后，將預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分和傳統(tǒng)臨床病理因素納入多變量Cox風(fēng)險(xiǎn)回歸，并建立了預(yù)后列線圖（圖3K）。ROC分析表明，結(jié)合預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分、pTNM分期和年齡構(gòu)建的列線圖可以更好地判斷GC患者的預(yù)后（圖3L）。
4.FBLN5與腫瘤進(jìn)展之間的關(guān)聯(lián)
作者根據(jù)FBLN5表達(dá)水平評(píng)估了GC患者對(duì)伊立替康、5-氟尿嘧啶、多西他賽、卡培他濱、紫杉醇、順鉑和奧沙利鉑的敏感性，發(fā)現(xiàn)FBLN5的表達(dá)水平影響卡培他濱、順鉑和奧沙利鉑的敏感性（圖5A）。此外，作者發(fā)現(xiàn)高表達(dá)組患者的EMT評(píng)分高于低表達(dá)組（圖5B），這表明高FBLN5表達(dá)水平可能促進(jìn)GC細(xì)胞從病變中分離并通過EMT過程轉(zhuǎn)移到其他部位，證實(shí)了FBLN5與腫瘤進(jìn)展密切相關(guān)。利用TCGA-STAD的數(shù)據(jù)，在高表達(dá)和低表達(dá)組中進(jìn)行了外顯子錯(cuò)義突變分析（圖5C）。結(jié)果表明，高表達(dá)組FBLN5突變率較低，即FBLN5能夠穩(wěn)定調(diào)控晚期GC患者，這與GC患者的疾病進(jìn)展密切相關(guān)。
5.FBLN5的表達(dá)和患者預(yù)后
為了驗(yàn)證FBLN5對(duì)GC預(yù)后的影響，作者使用組織學(xué)芯片對(duì)FBLN5進(jìn)行了IHC染色，結(jié)果顯示，F(xiàn)BLN5主要在癌細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)和腫瘤的間質(zhì)纖維細(xì)胞中表達(dá)（圖6A）。同時(shí)發(fā)現(xiàn)高表達(dá)組和低表達(dá)組之間FBLN5的位置存在差異。在分化良好的腺癌中，F(xiàn)BLN5在癌細(xì)胞和腫瘤間質(zhì)纖維細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中高表達(dá)。FBLN5在低分化腺癌細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中低水平表達(dá)，在間質(zhì)纖維細(xì)胞中高表達(dá)。然而，F(xiàn)BLN5在另一種低分化腺癌中高表達(dá)，表明FBLN5在相同分化程度的腫瘤細(xì)胞中的表達(dá)水平存在異質(zhì)性。此外，在粘液性腺癌中，F(xiàn)BLN5在癌細(xì)胞和間質(zhì)成纖維細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中高表達(dá)。作者評(píng)估了IHC染色的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)低表達(dá)組的總生存期（OS）明顯高于高表達(dá)組（圖6B）。
接下來，作者測(cè)量了FBLN5在健康胃上皮細(xì)胞系和幾種GC細(xì)胞系中的表達(dá)水平，發(fā)現(xiàn)FBLN5在GC細(xì)胞系中的表達(dá)水平顯著更高，表明FBLN5表達(dá)水平可能與GC組織的組織學(xué)類型有關(guān)（圖6C）。為了進(jìn)一步評(píng)估FBLN5表達(dá)水平與患者預(yù)后之間的關(guān)系，進(jìn)行了單變量和多變量Cox分析，發(fā)現(xiàn)FBLN5表達(dá)和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移率與患者預(yù)后獨(dú)立相關(guān)。此外，經(jīng)過卡方分析，作者發(fā)現(xiàn)FBLN5的表達(dá)水平與腫瘤浸潤(rùn)模式和N分期有關(guān)。高FBLN5表達(dá)水平的患者更傾向于表現(xiàn)出INFc腫瘤浸潤(rùn)模式和N3分期。然后，根據(jù)多變量Cox分析的結(jié)果建立了預(yù)后列線圖（圖6D）。使用列線圖計(jì)算每位患者的評(píng)分后，根據(jù)中值對(duì)患者進(jìn)行分組，高危組患者的生存期更短（圖6E）。一年、兩年和三年預(yù)測(cè)的時(shí)間依賴性ROC曲線下面積分別為0.751、0.769和0.733（圖6F）。此外，在校準(zhǔn)和決策曲線分析（DCA）期間，C指數(shù)為0.705，這可能更能反映患者的預(yù)后。此外，DCA圖還清楚地表明，FBLN5表達(dá)和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移率相結(jié)合評(píng)估患者預(yù)后具有較好的應(yīng)用前景（圖6G-H）。
6.其他癌癥中的FBLN5
以上結(jié)果表明，F(xiàn)BLN5可作為GC患者預(yù)后的良好指標(biāo)。作者進(jìn)一步探討了FBLN5是否也可以用作其他癌癥的預(yù)后指標(biāo)，分析結(jié)果表明，F(xiàn)BLN5水平對(duì)肝細(xì)胞癌的預(yù)后也有指示意義，F(xiàn)BLN5在肝細(xì)胞癌中的應(yīng)用前景有望在臨床上得到進(jìn)一步探索（圖7A-B）。使用TIMER和CIBSCORE分析同時(shí)評(píng)估了FBLN5表達(dá)水平和免疫細(xì)胞侵襲在各種類型癌癥中的水平。TIMER分析顯示，F(xiàn)BLN5與大多數(shù)腫瘤的免疫浸潤(rùn)呈正相關(guān)（圖7C）。然而，CIBSCORE分析顯示，F(xiàn)BLN5在大多數(shù)腫瘤中與免疫浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān)（圖7D）。因此，F(xiàn)BLN5在各種腫瘤中引起的免疫浸潤(rùn)需要進(jìn)一步研究。此外，對(duì)免疫檢查點(diǎn)的分析表明，F(xiàn)BLN5水平與免疫檢查點(diǎn)在大多數(shù)癌癥中呈正相關(guān)，例如肺腺癌（STES），膀胱移行細(xì)胞癌（BLCA）和肺鱗狀細(xì)胞癌（LUSC），可以有效指導(dǎo)這些腫瘤的免疫治療（圖7E）。最后，作者研究了FBLN5在靶向治療中的泛癌應(yīng)用前景，并進(jìn)行了腫瘤純度分析、TMB分析和MSI分析（圖7F-H），發(fā)現(xiàn)FBLN5的表達(dá)與TMB和MSI呈負(fù)相關(guān)趨勢(shì)，證明當(dāng)FBLN5表達(dá)高時(shí)，靶向治療不支持。FBLN5對(duì)某些腫瘤有促癌作用，對(duì)某些腫瘤有抑癌作用，對(duì)某些腫瘤有靶向治療支持作用，對(duì)某些腫瘤有免疫治療支持作用。因此，F(xiàn)BLN5在各種腫瘤中的作用機(jī)制需要根據(jù)不同的腫瘤類型進(jìn)行分析。
結(jié)語
無論對(duì)于碩博生，還是對(duì)于有職稱評(píng)審需求的上班族來說，發(fā)表文章的影響因子達(dá)到5分都是一個(gè)門檻，甚至很多申博或者三甲醫(yī)院找工作的應(yīng)聘要求上直接表明：要求以第一作者身份至少發(fā)表過1篇IF≥5的SCI論文。所以，今天小編給大家分享的這篇文章，非常值得學(xué)習(xí)，雖然影響因子不高，但是內(nèi)容很豐富，會(huì)給人很多做科研的啟發(fā)，比如可以將免疫浸潤(rùn)、藥物化療、靶向治療等內(nèi)容結(jié)合到單基因分析中，進(jìn)一步分析與臨床指標(biāo)的聯(lián)系，相比單純的基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)研究，這樣綜合分析的文章更能體現(xiàn)研究的臨床意義，可以很好的向臨床轉(zhuǎn)化，賦予我們的文章以“生命的力量”，讓科研更富有靈魂！感興趣的小伙伴，趕緊行動(dòng)起來吧~
參考文獻(xiàn)：
Bian X, Yin S, Yin X, Fang T, Wang Y, Yang S, Jiang X, Xue Y, Ye F, Zhang L. Clinical and Biological Significances of FBLN5 in Gastric Cancer. Cancers (Basel). 2023 Jan 16;15(2):553.
