掃碼聯(lián)系客服
早吖，UU們~關(guān)于細胞死亡，咱們公眾號解讀了不少文章，目前細胞死亡過程中的一些關(guān)鍵啟動子和效應(yīng)子、信號通路和亞細胞位點等也已經(jīng)被識別出來。今天，小編來給大家介紹一個細胞死亡相關(guān)的綜合性數(shù)據(jù)庫——XDeathDB。
XDeathDB（https://pcm2019.shinyapps.io/XDeathDB/）涵蓋了細胞自噬、焦亡、鐵死亡、免疫原性細胞死亡、溶酶體細胞死亡等12種細胞死亡模式，包含了27654個人類基因、149個細胞死亡標(biāo)志基因、1235個藥物靶基因、2213種藥物、164個信號通路、1461種癌癥類型和COVID-19（表1），通過該平臺，我們可以查詢基因-疾病、基因-細胞死亡通路、細胞死亡-細胞死亡以及基因-基因之間的關(guān)系。
關(guān)于數(shù)據(jù)收集和平臺搭建，小編就略過了，咱們重點看看這個數(shù)據(jù)庫的功能。網(wǎng)頁很簡單，主要就是四個模塊：Cell Death Engine、Gene Network、Network Analyses和Cell Death Interaction，我們來看一下~
Cell Death Engine
①：如圖2所示，以凋亡和胃癌為例，用戶可以選擇特定的細胞死亡模式和疾病，也可以全部選擇，然后點擊Submit。
②：我們可以選擇Key genes annotations來查看關(guān)鍵基因，即有文章證實對細胞死亡過程有明確影響的基因，參考文獻、基因的位置、其他相關(guān)的死亡模式等信息也都一一列了出來。
③-④：此外，網(wǎng)站還提供了通路的注釋信息，數(shù)據(jù)來源于GO、KEGG和MSigDB等。選定某一通路之后，已驗證的通路相關(guān)基因的symbol、染色體位置、靶向藥物和影響的所有死亡模式也都可以查看。最后，我們可以下載所有的通路信息。
Gene Network
在這一模塊，我們可以輸入149個細胞死亡hallmark genes中的一個或多個基因，構(gòu)建它們的互作網(wǎng)絡(luò)，一個基因?qū)?yīng)一種顏色。這些hallmark genes是作者查找文獻收集的，它們要么是激活死亡過程的級聯(lián)反應(yīng)中的一部分，要么本身就是激活因子。提交基因之后，點擊互作網(wǎng)絡(luò)的邊能夠查看兩個基因之間的互作類型，也可以通過選擇特定的互作方式，對網(wǎng)絡(luò)進行過濾。網(wǎng)絡(luò)的大小可以調(diào)整，基因的位置也能拖拽(就是這個顏色小編覺得略微有那么一些丑)。
Network Analyses
該功能允許我們可視化一個基因在整個子網(wǎng)中的直接互作關(guān)系，每種細胞死亡模式都有多個子網(wǎng)，用戶可以選擇任一模式的任意子網(wǎng)，每個子網(wǎng)絡(luò)中的基因也都在左下的方框中列了出來。構(gòu)建之后，會有一個簡單的表格，給出了每個子網(wǎng)有關(guān)的疾病和通路，網(wǎng)絡(luò)中的基因也是可以選擇的，可以在顏色上突出選定基因的互作對，基因也是可以拖拽的，網(wǎng)絡(luò)的形狀、大小也可以調(diào)整，只是顏色就只能默認了。
Cell Death Interaction
子網(wǎng)是生物過程中信息交換的主要方式，不同細胞死亡模式下的子網(wǎng)會反應(yīng)相應(yīng)的分子環(huán)境，子網(wǎng)之間的互作可以使我們在基因和通路的水平上了解相應(yīng)信息，對于自己感興趣的基因，也可以進一步挖掘其相關(guān)關(guān)系和功能。
目前，也有不少針對細胞死亡搭建的數(shù)據(jù)平臺，如“Apoptoproteomics” 、“Deathbase”、“ApoCanD” 、“Degrabase”、“MEROPS” 、“CASBAH”、“CASPDB” 、“MerCASBA”和 “CaspNeuroD” 等，但是它們都有自己的側(cè)重點，要么是只包含兩三種死亡模式，要么就只有相關(guān)通路蛋白的信息，相比之下，XDeathDB更綜合一些，但是功能上有些簡單，主要還是進行各種互作的可視化，總之，各有千秋吧，大家按需選擇~最后，小編希望作者可以經(jīng)常地更新數(shù)據(jù)，做好數(shù)據(jù)庫的后期維護！好了，今天的分享到這了，have a nice day!
參考文獻：
[1] Gadepalli V S , Kim H , Liu Y , et al. XDeathDB: a visualization platform for cell death molecular interactions[J]. Cell Death & Disease.
