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關(guān)于這個(gè)話題我早就想吐槽下了。
大家都知道
三流企業(yè)賣產(chǎn)品
二流企業(yè)賣服務(wù)
一流企業(yè)賣標(biāo)準(zhǔn)
最近華為拿到了5G通訊的部分標(biāo)準(zhǔn)，確實(shí)讓人振奮。
回到生物信息中，目前生物信息學(xué)中的數(shù)據(jù)格式標(biāo)準(zhǔn)還是可以的。比如標(biāo)準(zhǔn)的fa、fastq、gff3、bam等，這些標(biāo)準(zhǔn)格式用起來(lái)還是可以的。
今天小編主要想吐槽的就是生信分析中閾值這個(gè)點(diǎn)。
首先吐槽就是相似性，目前大家在做同源比對(duì)的時(shí)候，大多會(huì)選擇80%的區(qū)域相似，我們就認(rèn)為這兩個(gè)序列同源。這里這個(gè)80%是怎么來(lái)的呢，我想大多情況下是大家的經(jīng)驗(yàn)之談。
第一個(gè)吃螃蟹的人說用筷子夾著吃好吃，跟隨者自不必嘗試下用勺子的好處。
還有就是E value，在blast的時(shí)候，大家都默認(rèn)物種內(nèi)是-10，物種間是-5，這些又是經(jīng)驗(yàn)之談了。
當(dāng)然這些在處理一般的問題的時(shí)候沒有什么問題。但是在處理特殊的物種的情況下就會(huì)出現(xiàn)很多的問題。比如這個(gè)物種整體就是和參考相差太多，變異較多。你還固守參數(shù)的話，結(jié)果肯定慘不忍睹。
我相信這里舉的例子只是一個(gè)簡(jiǎn)單的代表，靠閾值來(lái)卡好壞結(jié)果的例子在生信中遍地都是。
但是目前生信分析對(duì)于這里木有固定的標(biāo)準(zhǔn)，素質(zhì)稍微高的分析人員會(huì)稍微考慮下物種的特異性，調(diào)整下標(biāo)準(zhǔn)，更多的人就是根據(jù)固定的經(jīng)驗(yàn)值去篩，TM的愛是啥是啥。
既然行業(yè)沒有標(biāo)準(zhǔn)，說明這里確實(shí)不好訂標(biāo)準(zhǔn)，甚至連固定的方法都沒有。
小編又想起來(lái)得吐槽下，目前很多公司都在做三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組。大家在全長(zhǎng)建庫(kù)的時(shí)候更多的是參考高粱和玉米的轉(zhuǎn)錄本的比例。建庫(kù)策略一般是：小于1K，1K-3K，3K-6K等等，比例也較為固定2：3：3。但是這里如果其之前測(cè)過轉(zhuǎn)錄組，或者存在近緣，是不是利用其數(shù)據(jù)簡(jiǎn)單的評(píng)估下，選擇適合這個(gè)物種的建庫(kù)策略呢。
吐槽回來(lái)，小編其實(shí)想說如果存在行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，我們應(yīng)該按照標(biāo)準(zhǔn)來(lái)說，但是同時(shí)要兼顧物種的特異性。既然標(biāo)準(zhǔn)是經(jīng)驗(yàn)，經(jīng)驗(yàn)就有失效的時(shí)候。還有就是應(yīng)該從問題出發(fā)，然后設(shè)定標(biāo)準(zhǔn)。
大于1是正選擇，但是這個(gè)物種超級(jí)保守，是不是選擇那些大于0.6的就可以了呢。
這里小編有三個(gè)想法
1、從問題本身出發(fā)，生物信息分析其實(shí)就是一個(gè)初步篩選的過程，這里標(biāo)準(zhǔn)的設(shè)定其實(shí)不是最重要的，哪怕你通過抓鬮、扔鞋決定出來(lái)的基因，被證明有意義，都可以。這里研究的是生物問題，不是生信方法。
2、沒有標(biāo)準(zhǔn)，是否可以從統(tǒng)計(jì)學(xué)分布出發(fā)。目前這些所謂的標(biāo)準(zhǔn)其實(shí)也是基于統(tǒng)計(jì)學(xué)分析而來(lái)的，當(dāng)這個(gè)物種比較特殊的時(shí)候，我們應(yīng)該從物種本身的分布上去研究。舉例：在做正選擇基因篩選的時(shí)候，整體沒有大于1的，那這時(shí)我們應(yīng)該繪制下這個(gè)物種基因受選擇壓力的整體分布圖，看下位于右5%，10%的基因。這些所謂的離群的點(diǎn)，最有可能就是有意義的點(diǎn)。這樣總比一刀切好的多。
3、 學(xué)生信的都弄過機(jī)器學(xué)習(xí)，這種問題完全可以機(jī)器模擬，學(xué)習(xí)搞定。將目前的所有的發(fā)布的數(shù)據(jù)整合下，構(gòu)建下數(shù)據(jù)庫(kù)，提取下特征，構(gòu)建分類器，然后研究新的物種的時(shí)候，運(yùn)行下這個(gè)分類器，讓他給一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)。這個(gè)絕對(duì)比你手一抖給的標(biāo)準(zhǔn)，可靠的多的多的多的多。
想起剛?cè)雽W(xué)的時(shí)候，一個(gè)老師說的話，給大家安利下。
按照預(yù)定的方案和計(jì)劃去實(shí)施，只能得到預(yù)定的結(jié)果，而無(wú)法實(shí)現(xiàn)超越。
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